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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000613

染色体: Chr03 坐标: 6800230-6804177 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000613
名称SmilChr03G000613
描述uncharacterized SmilChr03G000613
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向6800230 - 6804177 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017261
GeneID131017261
locus_tag-
NCBI NameLOC131017261
原始查询SmilChr03G000613

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017261

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057801978.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057801978.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801978.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801978.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801978.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:6801382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr3:6801398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,C33,C35,D1
Chr3:6801559 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,D7
Chr3:6801562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B68,C45,C72,C80
Chr3:6801574 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B101,B140,C40
Chr3:6801574 GA G 1bp_deletion CDS_variant 3 B101,B140,C40
Chr3:6801583 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 13 A22,A3,B107,B140,B22,B3,B38,B78,B83,C12,C27,C59,C87
Chr3:6801604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,C27,C5,C75,C76
Chr3:6801619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B103,B126,B7,C41
Chr3:6801622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr3:6802875 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B93,C39
Chr3:6802875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099512.1
AGACACGTGCTCTTTCACCGACATTCACTTCTTCAAGAGTTACATCTCCACGGGCGTAGTGAGCATTATCTTGCACTTGAATATCTTGTTATGGCGAAAAGAAGGTGTGTGCTTTCAAAGAAGGTTACTGATGAGCTTTCTTTGTATTTTTTCTTTTTTCGGGGCTCATTTGTATCGGTTGCACACTTACCTTTAGATTATTTGTTCCATGTCTTTGCTTTAGAGAATGGTGCATGGTAATTTTAATTCTTCTATAATGC...
XR_009099510.1
GACACGTGCTCTTTCACCGACATTCACTTCTTCAAGAGTTACATCTCCACGGGCGTAGTGAGCATTATCTTGCACTTGACGTTTTGTCTTTCTACTCCAAGAAAGCTATTCCACTTCTCCAAATTTAACGGTGCCCTCACGGTCCACTTGTCTTTGCTCACATCGAATTTGTTTGCTGGAACACTTTTCATCCATTAATTGCACCTTCTATATCTTGTTATGGCGAAAAGAAGGTGTGTGCTTTCAAAGAAGGTTACTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017261
ATGTTTATCTGTGATACAGTTTCGGCAACGAAAAGAAAGAAAATGAGTTCTGCCGTAAGAATCTCCCCAAAATTCAACGGTGAAAGTGCAAAGTCTGATCAAAATTCAACCAAAAATCACACTAGAGAAATCCATTACACCTACAAAACAAGGAGACACGTGCTCTTTCACCGACATTCACTTCTTCAAGAGTTACATCTCCACGGGCGTAGTGAGCATTATCTTGCACTTGAGTGCCCTCACGGTCCACTTGTCTTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801978.1
MFICDTVSATKRKKMSSAVRISPKFNGESAKSDQNSTKNHTREIHYTYKTRRHVLFHRHSLLQELHLHGRSEHYLALECPHGPLVFAHIEFVCWNTFHPLIAPSISCYGEKKVCAFKEGY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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