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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000623`

染色体: Chr03 坐标: 6886628-6890764 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000623`
名称	SmilChr03G000623
描述	uncharacterized SmilChr03G000623
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	6886628 - 6890764 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018226`
GeneID	`131018226`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018226`
原始查询	`SmilChr03G000623`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=29; qcov=0.315; evalue=6.13e-47; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=29.4; qcov=0.618; evalue=2.01e-111; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF03372 (Exo_endo_phos); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018226

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057802933.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057802933.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057802933.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802933.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802933.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:6886651`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B46
`Chr3:6886658`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C8
`Chr3:6886658`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C8
`Chr3:6886666`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,B38,C31
`Chr3:6886750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,A24
`Chr3:6886809`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B15,B85,C20,C50
`Chr3:6886817`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B117,B64,C13,C57
`Chr3:6886851`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C16,C60,C61,C85
`Chr3:6886878`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr3:6886910`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A22,B76,C49
`Chr3:6886910`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B76,C49
`Chr3:6886915`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802933.1

1378 aa

689

1378

Exo_endo_phos

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF03372 Exo_endo_phos 5-220 aa PF00078 RVT_1 499-760 aa PF13966 zf-RVT 1017-1096 aa PF13456 RVT_3 1226-1345 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802933.1`	Pfam	`PF03372`	Exo_endo_phos	Domain	5	220	2.3e-05	25.0	Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
`XP_057802933.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	499	760	7.1e-31	108.4	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057802933.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1017	1096	6.4e-19	69.1	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057802933.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1226	1345	4.7e-15	56.3	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946950.1
ATGAATATGCTCGTTTGGAACGTCCGTGGTCTTACGGACGAGTCTAAGCGTTTGATGAAGGAGTATTGTCATTCTTTTGCTCCTATAGTGCTGGGTATTATTGAGCCGAAATCTAAATTTCAGAAAGTCCAGCAGAATTTTTGGTTATCTTTGAATATGGTTCCTTGTCACCAAAATTGCAGGCTTCCTCGTCGTTCTAATATTTGGTTTCTGACGCACCCTTCGGTCCAGACTAGCGTTGTCTTATCTTCTTCTCAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018226
ATGAATATGCTCGTTTGGAACGTCCGTGGTCTTACGGACGAGTCTAAGCGTTTGATGAAGGAGTATTGTCATTCTTTTGCTCCTATAGTGCTGGGTATTATTGAGCCGAAATCTAAATTTCAGAAAGTCCAGCAGAATTTTTGGTTATCTTTGAATATGGTTCCTTGTCACCAAAATTGCAGGCTTCCTCGTCGTTCTAATATTTGGTTTCTGACGCACCCTTCGGTCCAGACTAGCGTTGTCTTATCTTCTTCTCAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802933.1
MNMLVWNVRGLTDESKRLMKEYCHSFAPIVLGIIEPKSKFQKVQQNFWLSLNMVPCHQNCRLPRRSNIWFLTHPSVQTSVVLSSSQAVVVDCYWQNRNFRVAVVHGSNDAGERRFLWADLISVITRNTVFIGDFNAVKGANERISSVSPSRHACQDFCDFIENSGFGEPTTSGLHFTWSGRRFLPRHVESVLDRALISDGFADMWDSINSHALPRISSDHSPLVLQCKLAMPTGKRHFKFLNMWVLHPEFQNMVAASWND...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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