当前解析结果
SmilChr03G000645| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000645 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000645 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase LIP-4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 7163297 - 7165057 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131017284 |
|---|---|
| GeneID | 131017284 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017284 |
| 原始查询 | SmilChr03G000645 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase LIP-4-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase LIP-4-like |
| Arabidopsis | AT1G56670 (AT1G56670)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842122] identity=43.6; qcov=1.1; evalue=5.82e-62; confidence=medium |
| Rice | Os05g0401000 (OsGELP66)- identity=40.9; qcov=1.1; evalue=1.12e-49; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017284 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057801993.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801993.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801993.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801993.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057801993.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:7164294 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B107,B65 |
Chr3:7164294 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B65 |
Chr3:7164314 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B15 |
Chr3:7164336 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,C2 |
Chr3:7164337 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B22,B23,B54,B86,C39 |
Chr3:7164521 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr3:7164538 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B2,C18,C2,C20 |
Chr3:7164610 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,B77 |
Chr3:7164613 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr3:7164628 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A24,B24,B77 |
Chr3:7164824 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr3:7164844 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801993.1PF00657
Lipase_GDSL 1-167 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801993.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 1 | 167 | 6.2e-25 | 89.3 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。