Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000655

染色体: Chr03 坐标: 7269520-7270698 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000655
名称SmilChr03G000655
描述salt stress-induced hydrophobic peptide ESI3-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向7269520 - 7270698 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017287
GeneID131017287
locus_tag-
NCBI NameLOC131017287
原始查询SmilChr03G000655

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述salt stress-induced hydrophobic peptide ESI3-like
产物salt stress-induced hydrophobic peptide ESI3-like
ArabidopsisAT2G38905 (AT2G38905)
Low temperature and salt responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818475]
identity=86.8; qcov=0.981; evalue=3.01e-26; confidence=medium
RiceOs03g0286900 (OsRCI2-5)
-
identity=84.9; qcov=0.981; evalue=3.32e-26; confidence=medium
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF01679 (Pmp3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017287

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057801996.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057801996.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057801996.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801996.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801996.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:7270021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B52,B72,B73,C72,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801996.1
54 aa
N
1
27
54
Pmp3
C
PF01679 Pmp3 6-53 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801996.1 Pfam PF01679 Pmp3 Family 6 53 4e-21 75.5 Proteolipid membrane potential modulator

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946013.1
AGTTATTATTGTTTCTTGTTTTTCTTTCTTCCCATCCAAATTCACGAGGCTCAACCTCTTCTCCTCGTAAGAAAAAACGAAATTGTTCATTTGATTTTCTGAAAGGAAAAAAAGAAGATAATTTGATGGGTTCAGAGACATTTCTCGAAGTGATTCTGGCAATACTTGTGCCGCCTGTTGGGGTCTTCCTCAGATACGGCCTCGGAATAGAATTTTGGATCGATCTTTTGCTAACGATCTTGGGATACTTACCGGGGATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017287
ATGGGTTCAGAGACATTTCTCGAAGTGATTCTGGCAATACTTGTGCCGCCTGTTGGGGTCTTCCTCAGATACGGCCTCGGAATAGAATTTTGGATCGATCTTTTGCTAACGATCTTGGGATACTTACCGGGGATAATATATGCTATATATGTGATAGTCGTATAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801996.1
MGSETFLEVILAILVPPVGVFLRYGLGIEFWIDLLLTILGYLPGIIYAIYVIVV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器