Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000666

染色体: Chr03 坐标: 7459851-7462643 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000666
名称SmilChr03G000666
描述salviol synthase-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向7459851 - 7462643 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017279
GeneID131017279
locus_tag-
NCBI NameLOC131017279
原始查询SmilChr03G000666

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述salviol synthase-like
产物salviol synthase-like
ArabidopsisAT5G57260 (CYP71B10)
cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835831]
identity=39.8; qcov=0.932; evalue=1.67e-117; confidence=medium
RiceOs03g0593600 (CYP71W1)
-
identity=43.9; qcov=0.979; evalue=4.45e-142; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017279

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057801988.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057801988.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801988.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801988.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801988.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:7459950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr3:7459972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C23,C28,C87
Chr3:7459987 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 110 A10,A14,A15,A18,A19,A22,A23,A5,A6,A7,B100,B103,B106,B109,B110,B112,B113,B115,B119,B125,B131,B134,B135,B138,B15,B17,B20,B23,B24,B27,B3,B31,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B44,B45,B49,B50,B53,B54,B56,B58,B6,B60,B62,B68,B7,B78,B8,B80,B82,B84,B85,B87,B88,B89,B91,B93,B94,B96,B97,B99,C10,C15,C16,C18,C19,C2,C21,C3,C30,C31,C34,C35,C40,C42,C43,C47,C48,C50,C52,C55,C58,C6,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C73,C76,C77,C79,C81,C83,C84,C86,C9,D1,D2,D4,D5,D6,D8
Chr3:7460058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr3:7460185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr3:7460226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr3:7460292 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,C23,C28,C87
Chr3:7460551 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B11
Chr3:7460634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C55,D8
Chr3:7460658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B113,C30,C48,D6
Chr3:7460776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr3:7460824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801988.1
512 aa
N
1
256
512
p450
C
PF00067 p450 44-489 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801988.1 Pfam PF00067 p450 Domain 44 489 1.2e-94 318.4 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946005.1
ATAAAAACCCAATTAAGGAATAAAAATGTACTACTCGATCCAAAGTCCAAACAATCAAAATCCCTAATTCTTCAATTTATAGCCTGCCCTCATGGACTTGGACACCTCCTCTATCCCCTTTCTCATTTCCATCTTCATGTTCGTGTTCATGTTCGTGTTCGCGTTTGTGTTCGTGTTCGTGCCCGTGCTTTTTAGAACCGGCAAACCCAGTACCGATCTCCCTCCGGGCCCACGTAAGTTGCCTTTCATAGGCAACTTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017279
ATGGACTTGGACACCTCCTCTATCCCCTTTCTCATTTCCATCTTCATGTTCGTGTTCATGTTCGTGTTCGCGTTTGTGTTCGTGTTCGTGCCCGTGCTTTTTAGAACCGGCAAACCCAGTACCGATCTCCCTCCGGGCCCACGTAAGTTGCCTTTCATAGGCAACTTGCACCTCCTCGCCGGCTCCGCTCTGCCCCACCACACTCTTGCAAACTTGGCCAATAAATATGGACCCTTGATGCACCTAAAACTCGGTCAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801988.1
MDLDTSSIPFLISIFMFVFMFVFAFVFVFVPVLFRTGKPSTDLPPGPRKLPFIGNLHLLAGSALPHHTLANLANKYGPLMHLKLGQIDAVVVSSPETAEEILKRNDVVFASRPSLLATEINCYGNTDIAFSPYGDYWRQLRKICTLQLLTARRVQSFRPIREGEVSELCNWIALQEGSTINLTEKLITTNLNIMIMAAFGKKSGEVGKLKDIIMEAHELVTVFNIVDVYPSLKFLRLFSGMRKKIEEHHRHLNRITESVI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器