当前解析结果
SmilChr03G000666| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000666 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000666 |
| 描述 | salviol synthase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 7459851 - 7462643 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131017279 |
|---|---|
| GeneID | 131017279 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017279 |
| 原始查询 | SmilChr03G000666 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | salviol synthase-like |
| 产物 | salviol synthase-like |
| Arabidopsis | AT5G57260 (CYP71B10)cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835831] identity=39.8; qcov=0.932; evalue=1.67e-117; confidence=medium |
| Rice | Os03g0593600 (CYP71W1)- identity=43.9; qcov=0.979; evalue=4.45e-142; confidence=medium |
| GO | GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00067 (p450) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017279 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057801988.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057801988.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801988.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801988.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801988.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:7459950 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A6 |
Chr3:7459972 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C23,C28,C87 |
Chr3:7459987 |
ATG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 110 | A10,A14,A15,A18,A19,A22,A23,A5,A6,A7,B100,B103,B106,B109,B110,B112,B113,B115,B119,B125,B131,B134,B135,B138,B15,B17,B20,B23,B24,B27,B3,B31,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B44,B45,B49,B50,B53,B54,B56,B58,B6,B60,B62,B68,B7,B78,B8,B80,B82,B84,B85,B87,B88,B89,B91,B93,B94,B96,B97,B99,C10,C15,C16,C18,C19,C2,C21,C3,C30,C31,C34,C35,C40,C42,C43,C47,C48,C50,C52,C55,C58,C6,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C73,C76,C77,C79,C81,C83,C84,C86,C9,D1,D2,D4,D5,D6,D8 |
Chr3:7460058 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A6 |
Chr3:7460185 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B10 |
Chr3:7460226 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr3:7460292 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,C23,C28,C87 |
Chr3:7460551 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A9,B11 |
Chr3:7460634 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C55,D8 |
Chr3:7460658 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,B113,C30,C48,D6 |
Chr3:7460776 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr3:7460824 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801988.1PF00067
p450 44-489 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801988.1 |
Pfam | PF00067 |
p450 | Domain | 44 | 489 | 1.2e-94 | 318.4 | Cytochrome P450 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。