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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000667

染色体: Chr03 坐标: 7470144-7471001 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000667
名称SmilChr03G000667
描述uncharacterized SmilChr03G000667
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向7470144 - 7471001 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017285
GeneID131017285
locus_tag-
NCBI NameLOC131017285
原始查询SmilChr03G000667

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017285

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801994.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057801994.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057801994.1
4 Telomere 端粒 0.20000 XP_057801994.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057801994.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:7470286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr3:7470295 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr3:7470299 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,C6
Chr3:7470318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C11
Chr3:7470325 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B104
Chr3:7470325 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B104
Chr3:7470356 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B122,B128,B16,B64,B71,B89,B93,C4,C58
Chr3:7470379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr3:7470421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr3:7470477 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr3:7470634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B58,B60,C52,C74
Chr3:7470777 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946011.1
GTAGGCACGTGGGCGGGTCCCAGTCGACTCGTATCCTGCAGCAGTATATGGTATGTAATTAACAAATAATTAAGTATATAAATTAAATTAATATATTGACTAATATAACTTATTTATCTTATATAAATGCATCTACAGAGCTTGGATCCTGGTACTCCCCAGGATGCACCGAACTATGTCACCTCCCTCCGCCTCCACACGTACGCCGACGGAAGTTATACGTCGGAGAGAGATGCTAGAATTGACGCCGAGGTTCATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017285
ATGCATCTACAGAGCTTGGATCCTGGTACTCCCCAGGATGCACCGAACTATGTCACCTCCCTCCGCCTCCACACGTACGCCGACGGAAGTTATACGTCGGAGAGAGATGCTAGAATTGACGCCGAGGTTCATCGACTGGCCGCTGCCACAGGACGACAGGAGCGGCTAGACGAGGTGTATTTGGAGGTGGTGCAAATTGATAGGTCACGGATCTACGGCGTCGGGAGTGCCGGGCAGAGTCAGGCTAGTAGGGGGTCTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801994.1
MHLQSLDPGTPQDAPNYVTSLRLHTYADGSYTSERDARIDAEVHRLAAATGRQERLDEVYLEVVQIDRSRIYGVGSAGQSQASRGSIRSTGSSAVSQQLYETRISTLEERLAAEQAQRQQMEDRMAAEQAQRQQMEERMAAEQAARQQMQDRMAQLEAFMRMYNAQPPPGPDADDDDDDA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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