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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000674

染色体: Chr03 坐标: 7540437-7542267 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000674
名称SmilChr03G000674
描述interactor of constitutive active ROPs 2, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向7540437 - 7542267 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018241
GeneID131018241
locus_tag-
NCBI NameLOC131018241
原始查询SmilChr03G000674

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述interactor of constitutive active ROPs 2, chloroplastic-like
产物interactor of constitutive active ROPs 2%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G37080 (RIP2)
ROP interactive partner 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818284]
identity=40; qcov=0.774; evalue=2.07e-26; confidence=medium
RiceOs05g0122600
-
identity=37.6; qcov=0.802; evalue=6.76e-21; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018241

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057802948.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057802948.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057802948.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802948.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802948.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:7540453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,C45,C85
Chr3:7540485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr3:7540495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:7540540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B137
Chr3:7540590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,D8
Chr3:7540600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr3:7540647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr3:7540650 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B19
Chr3:7540653 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr3:7540687 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B115,B65,C16
Chr3:7540717 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,B50,B57,B82,B96
Chr3:7540718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,C29,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946965.1
ATGTTTCTCACAGTTTCTAGGGCGGAAGAAGACGCGCCTTGCAACAGCAAATGCAGCTGCCTCCTAGACAAAGCAATCAAGGAAAAGGTGCAAAACAATCAAGGAAAAGGTGAAGAAAACAGCGAACTGATATTGGAAGCTCTTTTTTCATATGATCTAGAAAATGATCTGAAAAATGTGAAGGATCAGTTATGCTCATCAGAAAAATCTAAGAAGCAAGCCCAGAGAGATGCAGATGAATCCAACCAAGAGCTCTCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018241
ATGTTTCTCACAGTTTCTAGGGCGGAAGAAGACGCGCCTTGCAACAGCAAATGCAGCTGCCTCCTAGACAAAGCAATCAAGGAAAAGGTGCAAAACAATCAAGGAAAAGGTGAAGAAAACAGCGAACTGATATTGGAAGCTCTTTTTTCATATGATCTAGAAAATGATCTGAAAAATGTGAAGGATCAGTTATGCTCATCAGAAAAATCTAAGAAGCAAGCCCAGAGAGATGCAGATGAATCCAACCAAGAGCTCTCAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802948.1
MFLTVSRAEEDAPCNSKCSCLLDKAIKEKVQNNQGKGEENSELILEALFSYDLENDLKNVKDQLCSSEKSKKQAQRDADESNQELSVLSSKLEESEKKLLELSASRNALTVELSETSEERDRSLQAELEALHKQQLQESAALASALDEIERLKAQLAMVAASEANNSESAPTELHNLNEALVVVEEMKKQLSDSKKSEAEAQELVGETLMQLEAAKKMVETLRWDGCKAAASELEQSRARVELQITVPQQCI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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