Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000675`

染色体: Chr03 坐标: 7546223-7548784 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000675`
名称	SmilChr03G000675
描述	cysteine-rich receptor-like protein kinase 44
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	7546223 - 7548784 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017277`
GeneID	`131017277`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017277`
原始查询	`SmilChr03G000675`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cysteine-rich receptor-like protein kinase 44
产物	cysteine-rich receptor-like protein kinase 44
Arabidopsis	`AT4G05200` (CRK25) cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 25 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825868] identity=47; qcov=0.946; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0537500` - identity=43.3; qcov=0.946; evalue=1.52e-161; confidence=medium
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF01657 (Stress-antifung); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017277

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057801987.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801987.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801987.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801987.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801987.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:7546453`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,B15,D11
`Chr3:7546456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	A25,B10,B121,B130,B132,B16,B32,B50,B74,C22,C29,C40
`Chr3:7546468`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,C14
`Chr3:7546520`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B10
`Chr3:7546563`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr3:7546624`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	51	A10,A14,A19,A22,A23,A7,B103,B112,B115,B12,B131,B138,B15,B17,B19,B20,B24,B35,B43,B49,B52,B58,B68,B72,B73,B78,B84,B85,B89,B91,C15,C16,C3,C31,C34,C35,C40,C46,C52,C62,C63,C67,C72,C73,C84,C86,C9,D1,D11,D2,D5
`Chr3:7546638`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	51	A10,A14,A19,A22,A23,A7,B103,B112,B115,B12,B131,B138,B15,B17,B19,B20,B24,B35,B43,B49,B52,B58,B68,B72,B73,B78,B84,B85,B89,B91,C15,C16,C3,C31,C34,C35,C40,C46,C52,C62,C63,C67,C72,C73,C84,C86,C9,D1,D11,D2,D5
`Chr3:7546642`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	51	A10,A14,A19,A22,A23,A7,B103,B112,B115,B12,B131,B138,B15,B17,B19,B20,B24,B35,B43,B49,B52,B58,B68,B72,B73,B78,B84,B85,B89,B91,C15,C16,C3,C31,C34,C35,C40,C46,C52,C62,C63,C67,C72,C73,C84,C86,C9,D1,D11,D2,D5
`Chr3:7546685`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	53	A10,A14,A18,A19,A22,A23,A7,B103,B112,B115,B12,B131,B138,B15,B17,B19,B20,B24,B35,B43,B49,B52,B58,B68,B72,B73,B78,B84,B85,B89,B91,C15,C16,C3,C31,C34,C35,C40,C46,C52,C62,C63,C67,C72,C73,C84,C86,C9,D1,D11,D2,D4,D5
`Chr3:7547138`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B10
`Chr3:7547138`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B10
`Chr3:7547185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,C45,C56,C65,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801987.1

645 aa

322

645

Stress-antifung

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF01657 Stress-antifung 28-122 aa PF01657 Stress-antifung 146-236 aa PF00069 Pkinase 323-589 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 324-536 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801987.1`	Pfam	`PF01657`	Stress-antifung	Family	28	122	9.6e-36	123.1	Salt stress response/antifungal
`XP_057801987.1`	Pfam	`PF01657`	Stress-antifung	Family	146	236	9.6e-36	123.1	Salt stress response/antifungal
`XP_057801987.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	323	589	4.9e-46	158.0	Protein kinase domain
`XP_057801987.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	324	536	1.4e-48	166.2	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946004.1
TCCTCGGAAAAATGTGGGAGATTCGAAGAAACTGGATAATTGTCTCCCTCAGCATTCTGTTGCACGTTTCTCTAGTGACGTCCCAGCCAAATTGCACCGTGAGCGGTGACACATTCGCAAACGACAGCACTTACGAGACCAATCTCAACACCCTGGTGGCCTCTCTCTCCTCCACCATCGGCAACAGCGGATTCCTCAACGCCTCCGTCGGCCAGAGCCCCGACACCGTCAACGCCATCGTCCTCTGCAGAGGAGACATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017277
ATGTGGGAGATTCGAAGAAACTGGATAATTGTCTCCCTCAGCATTCTGTTGCACGTTTCTCTAGTGACGTCCCAGCCAAATTGCACCGTGAGCGGTGACACATTCGCAAACGACAGCACTTACGAGACCAATCTCAACACCCTGGTGGCCTCTCTCTCCTCCACCATCGGCAACAGCGGATTCCTCAACGCCTCCGTCGGCCAGAGCCCCGACACCGTCAACGCCATCGTCCTCTGCAGAGGAGACATCTCGCTCCCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801987.1
MWEIRRNWIIVSLSILLHVSLVTSQPNCTVSGDTFANDSTYETNLNTLVASLSSTIGNSGFLNASVGQSPDTVNAIVLCRGDISLPACRECVAATAPATAQRCPNRKDAIFWNETCMVRYSSRPIFGVLQIQPVSQVKSTIRAPNPQRHDEELRALLESLRGFAANGGPLKKVAAGNTTAPDVQPIYALEQCTPDLSVRDCTDCLTRAIDDIPTCCSGIIGSGILRPSCTLRFEDYQFYNDSMLQLPQQPITREKPSNKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器