当前解析结果
SmilChr03G000708| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000708 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000708 |
| 描述 | secretory carrier-associated membrane protein 4 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 7870485 - 7874788 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131017334 |
|---|---|
| GeneID | 131017334 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017334 |
| 原始查询 | SmilChr03G000708 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | secretory carrier-associated membrane protein 4 |
| 产物 | secretory carrier-associated membrane protein 4 |
| Arabidopsis | AT1G32050 (SCAMP5)SCAMP family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840097] identity=73.1; qcov=1; evalue=2.41e-148; confidence=high |
| Rice | Os04g0597000 (SCAMP6)- identity=64.9; qcov=1.01; evalue=2.14e-129; confidence=high |
| GO | GO:0015031 (protein transport); GO:0032588 (trans-Golgi network membrane); GO:0055038 (recycling endosome membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04144 (SCAMP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017334 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.80000 | XP_057802040.1 |
| 2 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.60000 | XP_057802040.1 |
| 3 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.60000 | XP_057802040.1 |
| 4 | Secretory vesicle | Secretory vesicle | 0.40000 | XP_057802040.1 |
| 5 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.40000 | XP_057802040.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:7871976 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C21,C4 |
Chr3:7872551 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C60 |
Chr3:7872551 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr3:7873467 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,B48,D5 |
Chr3:7873491 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C21,C4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802040.1PF04144
SCAMP 96-267 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802040.1 |
Pfam | PF04144 |
SCAMP | Family | 96 | 267 | 1.6e-59 | 201.7 | SCAMP family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。