Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000709`

染色体: Chr03 坐标: 7878409-7885604 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000709`
名称	SmilChr03G000709
描述	protein SENSITIVE TO UV 2
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	7878409 - 7885604 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017333`
GeneID	`131017333`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017333`
原始查询	`SmilChr03G000709`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein SENSITIVE TO UV 2
产物	protein SENSITIVE TO UV 2
Arabidopsis	`AT5G45610` (SUV2) protein dimerization [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834601] identity=30.6; qcov=0.929; evalue=6.58e-72; confidence=low
Rice	`Os02g0128300` - identity=33.6; qcov=0.181; evalue=6.64e-07; confidence=weak
GO	GO:0006974 (DNA damage response)
KEGG	-
Pfam	PF28619 (SUV2_M); PF28652 (SUV2_N); PF28655 (SUV2_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017333

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057802039.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057802039.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802039.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802039.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802039.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:7878717`	`CGT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B49
`Chr3:7878717`	`CGT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B49
`Chr3:7878774`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B133,B2
`Chr3:7878803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B24,B40,B93,C53
`Chr3:7878885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B122
`Chr3:7879969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B130,B53,D11
`Chr3:7880159`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,C53,D1
`Chr3:7880577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B130,B53,D11
`Chr3:7880595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr3:7880604`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B132,C22
`Chr3:7882637`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B16,B74,C40
`Chr3:7883398`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802039.1

708 aa

354

708

SUV2_N

SUV2_M

SUV2_C

PF28652 SUV2_N 228-340 aa PF28619 SUV2_M 433-548 aa PF28655 SUV2_C 556-708 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802039.1`	Pfam	`PF28652`	SUV2_N	Domain	228	340	9.9e-39	133.4	SUV2 N-terminal domain
`XP_057802039.1`	Pfam	`PF28619`	SUV2_M	Repeat	433	548	1.3e-44	151.5	SUV2 middle domain
`XP_057802039.1`	Pfam	`PF28655`	SUV2_C	Repeat	556	708	8.1e-65	217.9	SUV2 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946056.1
TTTGAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAATAATTAAAAACGGCACCTTCTCACCCACCTCCCCAAACTCCTCCATCTTCCGCAAGCACCTTTTTAACCCTTGAAAATGGAATCCAGTGCACCGCGCGTATCAGTTCTAAGCGGCGCTACGACGACGATGGCGGATCAGGGTTTAGATGCCGAAGACAAATTGGACGACGATGACGTGTGGGACGCGGACTTCGTGGACGAGCTTGTCAAGTTGGAGGAAGCTGCTTTGTCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017333
ATGGAATCCAGTGCACCGCGCGTATCAGTTCTAAGCGGCGCTACGACGACGATGGCGGATCAGGGTTTAGATGCCGAAGACAAATTGGACGACGATGACGTGTGGGACGCGGACTTCGTGGACGAGCTTGTCAAGTTGGAGGAAGCTGCTTTGTCCACCCAGGCTTATCGACAACAGCCGCCGGTTCAGCCTCAGGCGCAGTTTCACACTCCGCTTCTCCCTCCCCCTCGGCGGCTTCCGCCTCCGTCGGAACTCAGTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802039.1
MESSAPRVSVLSGATTTMADQGLDAEDKLDDDDVWDADFVDELVKLEEAALSTQAYRQQPPVQPQAQFHTPLLPPPRRLPPPSELSYSPPRQLSQRAPQASHTSAIHDSFAPHGTDIAKERELGALQKELNRVSKQLSHLEKECSELRKEKEKNLEQLRMAKDAEVNLRKNMEMDGLNSNPLNPGIPEAHQNVKPYNKLGSCTKSCDTGRYKTTDVSTSASQETCCRSEKLFDLWNSNDQKQGRVLVAKLYKTCEMDFHV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器