Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000723`

染色体: Chr03 坐标: 8079517-8082716 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000723`
名称	SmilChr03G000723
描述	UPF0481 protein At3g47200-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	8079517 - 8082716 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017339`
GeneID	`131017339`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017339`
原始查询	`SmilChr03G000723`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	UPF0481 protein At3g47200-like
产物	UPF0481 protein At3g47200-like
Arabidopsis	`AT3G47250` (AT3G47250) transmembrane protein, putative (DUF247) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823878] identity=25.4; qcov=0.983; evalue=3.25e-25; confidence=low
Rice	`Os12g0480800` - identity=35.1; qcov=0.385; evalue=1.92e-23; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03140 (DUF247)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017339

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057802043.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802043.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802043.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802043.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802043.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:8079830`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr3:8079866`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,B85
`Chr3:8079878`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D10
`Chr3:8079878`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:8079880`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A22,C27
`Chr3:8079880`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	A22,C27
`Chr3:8079905`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr3:8079928`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr3:8079930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr3:8079968`	`ACG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	29	A16,A7,B100,B101,B106,B11,B118,B119,B122,B123,B125,B2,B24,B27,B33,B4,B5,B93,B97,C15,C27,C28,C45,C53,C55,C59,C76,C82,D8
`Chr3:8079974`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	31	A16,A7,B100,B101,B106,B11,B118,B119,B122,B123,B125,B2,B24,B27,B33,B4,B40,B5,B93,B97,C15,C27,C28,C45,C53,C55,C59,C76,C82,D4,D8
`Chr3:8079977`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	20	A16,A7,B101,B11,B118,B122,B24,B33,B40,B5,B93,C15,C27,C45,C53,C55,C59,C76,C82,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802043.1

480 aa

240

480

DUF247

PF03140 DUF247 13-467 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802043.1`	Pfam	`PF03140`	DUF247	Family	13	467	1.8e-81	275.3	Plant protein of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946060.1
AATCATGCAAATATTCATGAATAAGTAGTAATCAGAGTGAACAACTAGATATAATACATTTATAATTAATTATATAGTTGTTTATGATTTGATTATCTCTTATTCATATATTTTATGTGTTAGTATTATATAATTATTTTTTACTTGACCAAGACTCGTAGGCTTGAGCTTGTACACACTAATTTATGAATAGACCAGATATTAACCTATCACAGCAATGGCAGCTGCGACACAGAAAATTGAGAAAGTGATGCCTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017339
ATGGCAGCTGCGACACAGAAAATTGAGAAAGTGATGCCTCTCTTACTCCGATTGGAGAAGAACAAAAACGACTACTTTCCGCAGGCGGTTTCGTTGGGTCCGTACCACCACGGCGAACCGGATCTCGCTTTCGTGGAGGCCTTCAAGCCTAAAGCCGTCGAGTTGTTCGTATCGGGCGGCCCGGAGATATACGACGAGTCGTTGTACCGCAGCAAAATTGTTGACATCATTTGTCAGATACGAGGATGCTACGAGGAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802043.1
MAAATQKIEKVMPLLLRLEKNKNDYFPQAVSLGPYHHGEPDLAFVEAFKPKAVELFVSGGPEIYDESLYRSKIVDIICQIRGCYEESTIGKYSDDEVAAMMLHDASLMIIYMEMSVLDETDQQPDELMMNKILAMMDHLGMLTLAILSRDLLLLQNQIPLCVVELLMDLRYGQGKGEYENLLNRYMNMAIFGEYRQKRITRKPLHLVEAIHMLLVLDCEKTTRRCPWLCCFNAEEDQSGAASTTCCSCKLLKKADLESGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器