当前解析结果
SmilChr03G000726| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000726 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000726 |
| 描述 | 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 homolog A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 8193205 - 8194763 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131017348 |
|---|---|
| GeneID | 131017348 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017348 |
| 原始查询 | SmilChr03G000726 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 homolog A-like |
| 产物 | 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 homolog A-like |
| Arabidopsis | AT5G45620 (AT5G45620)Proteasome component (PCI) domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834602] identity=71.4; qcov=0.563; evalue=1.43e-18; confidence=low |
| Rice | Os03g0214600 (OsRpn9b)- identity=79.4; qcov=0.391; evalue=4.59e-12; confidence=low |
| GO | GO:0005198 (structural molecule activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0008541 (proteasome regulatory particle, lid subcomplex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF22037 (PSD13_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017348 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.80000 | XP_057802050.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.80000 | XP_057802050.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 0.80000 | XP_057802050.1 |
| 4 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.60000 | XP_057802050.1 |
| 5 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.20000 | XP_057802050.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:8193334 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B37,B52,B91 |
Chr3:8193350 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B29 |
Chr3:8193449 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C57 |
Chr3:8193478 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr3:8194498 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B104,D11 |
Chr3:8194498 |
G |
GT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr3:8194502 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 28 | A2,A6,B100,B11,B110,B119,B132,B22,B3,B45,B47,B5,B56,B57,B66,B8,B90,B97,C11,C35,C41,C42,C56,C60,C63,C69,C76,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802050.1PF22037
PSD13_N 52-84 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802050.1 |
Pfam | PF22037 |
PSD13_N | Repeat | 52 | 84 | 1.1e-16 | 62.2 | PSD13 N-terminal repeats |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。