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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000727

染色体: Chr03 坐标: 8198009-8201286 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000727
名称SmilChr03G000727
描述uncharacterized SmilChr03G000727
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向8198009 - 8201286 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017349
GeneID131017349
locus_tag-
NCBI NameLOC131017349
原始查询SmilChr03G000727

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述P-hydroxybenzoic acid efflux pump subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817427]; symbol=AT2G28780; hit=AT2G28780; species=arabidopsis; confidence=high
产物P-hydroxybenzoic acid efflux pump subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817427]; symbol=AT2G28780; hit=AT2G28780; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G28780 (AT2G28780)
P-hydroxybenzoic acid efflux pump subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817427]
identity=47.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0100300
-
identity=33.9; qcov=0.894; evalue=2.25e-88; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF13515 (FUSC_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017349

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802051.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057802051.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057802051.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802051.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802051.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:8198091 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 20 A19,B104,B105,B114,B130,B135,B136,B138,B20,B22,B26,B40,B49,B70,B71,B79,C13,C37,C75,C78
Chr3:8198094 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 111 A1,A13,A14,A2,A22,A5,A8,A9,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B111,B113,B12,B122,B128,B129,B131,B133,B134,B136,B138,B14,B16,B18,B2,B23,B24,B25,B29,B31,B34,B36,B43,B47,B48,B50,B53,B55,B6,B60,B61,B62,B65,B67,B68,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B80,B82,B85,B86,B87,B91,B93,B94,B96,B97,B98,C1,C12,C14,C15,C16,C17,C2,C20,C21,C23,C25,C3,C31,C34,C36,C37,C40,C44,C46,C5,C54,C55,C59,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C7,C73,C8,C81,C83,C84,C86,C87,D1,D4,D5,D9
Chr3:8198110 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B136,B26,C13,C37
Chr3:8198281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr3:8198303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr3:8198306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr3:8198348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B14,C12,C24
Chr3:8198523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,B36
Chr3:8198556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B110,B36
Chr3:8198717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B125,B56,B90,B92
Chr3:8198758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C66
Chr3:8198824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802051.1
795 aa
N
1
398
795
FUSC_2
C
PF13515 FUSC_2 412-539 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802051.1 Pfam PF13515 FUSC_2 Family 412 539 3.1e-14 53.9 Fusaric acid resistance protein-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946068.1
CAAACTTCCACACCACATCACTTTACAGTTCCTCGACAATGGCCCCACAATACCAACACGACCGCGCCAGAGACATATGGCGGCGCTGCCTCGCCTCCGCCTTCCGCACGGCGCTGGCGTGCACCATCGTGGGCGTCGCCACCCTCTACGGCCCGGCCTACATCAACAAGCAGGTGGCCTTCCCGGCCTTCTCCTACGTGACGGTGATCCTCGTCGTCACCGACGCCACGCTGGGCGACGCCCTGCGCGGCTGCTGGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017349
ATGGCCCCACAATACCAACACGACCGCGCCAGAGACATATGGCGGCGCTGCCTCGCCTCCGCCTTCCGCACGGCGCTGGCGTGCACCATCGTGGGCGTCGCCACCCTCTACGGCCCGGCCTACATCAACAAGCAGGTGGCCTTCCCGGCCTTCTCCTACGTGACGGTGATCCTCGTCGTCACCGACGCCACGCTGGGCGACGCCCTGCGCGGCTGCTGGCTGGCGCTCTACGCCACCGCGCTGGGTGTCTTCCCGGGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802051.1
MAPQYQHDRARDIWRRCLASAFRTALACTIVGVATLYGPAYINKQVAFPAFSYVTVILVVTDATLGDALRGCWLALYATALGVFPGIVSLWFIGPGRLTTTTTSAAVAASAFFVALPEGTHLIAKRIALGQIVLLYVVAFINGGHTQPVMHPLHIATSTALGVGACVIALLLPFPRLAYRQVRGNSKLYIDNASERLKLFIKAFSAEDKASPKALISQAKSLNKPANKLLHCIRSKQESMQWEREPIKFLKAYKKKPAQP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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