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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000732

染色体: Chr03 坐标: 8216955-8223034 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000732
名称SmilChr03G000732
描述extra-large guanine nucleotide-binding protein 3-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向8216955 - 8223034 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017353
GeneID131017353
locus_tag-
NCBI NameLOC131017353
原始查询SmilChr03G000732

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述extra-large guanine nucleotide-binding protein 3-like
产物extra-large guanine nucleotide-binding protein 3-like
ArabidopsisAT1G31930 (XLG3)
extra-large GTP-binding protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840083]
identity=68.5; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0206700
-
identity=65.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0001664 (G protein-coupled receptor binding); GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005834 (heterotrimeric G-protein complex); GO:0007188 (adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway); GO:0019001 (guanyl nucleotide binding); GO:0031683 (G-protein beta/gamma-subunit complex binding)
KEGG-
PfamPF00503 (G-alpha)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017353

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057802053.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057802053.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802053.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802053.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802053.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:8217233 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:8217240 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr3:8217246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,C48
Chr3:8217264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,B94,C14
Chr3:8217288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr3:8217311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:8217330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr3:8217346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:8217405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:8217414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B134,B138
Chr3:8217453 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr3:8217531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802053.1
860 aa
N
1
430
860
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 442-826 aa
XP_057802055.1
860 aa
N
1
430
860
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 442-826 aa
XP_057802056.1
860 aa
N
1
430
860
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 442-826 aa
XP_057802057.1
860 aa
N
1
430
860
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 442-826 aa
XP_057802058.1
860 aa
N
1
430
860
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 442-826 aa
XP_057802059.1
860 aa
N
1
430
860
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 442-826 aa
XP_057802060.1
860 aa
N
1
430
860
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 442-826 aa
XP_057802061.1
860 aa
N
1
430
860
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 442-826 aa
XP_057802062.1
860 aa
N
1
430
860
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 442-826 aa
XP_057802063.1
860 aa
N
1
430
860
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 442-826 aa
XP_057802064.1
860 aa
N
1
430
860
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 442-826 aa
XP_057802065.1
860 aa
N
1
430
860
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 442-826 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802053.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 442 826 1.5e-73 248.5 G-protein alpha subunit
XP_057802055.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 442 826 1.5e-73 248.5 G-protein alpha subunit
XP_057802056.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 442 826 1.5e-73 248.5 G-protein alpha subunit
XP_057802057.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 442 826 1.5e-73 248.5 G-protein alpha subunit
XP_057802058.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 442 826 1.5e-73 248.5 G-protein alpha subunit
XP_057802059.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 442 826 1.5e-73 248.5 G-protein alpha subunit
XP_057802060.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 442 826 1.5e-73 248.5 G-protein alpha subunit
XP_057802061.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 442 826 1.5e-73 248.5 G-protein alpha subunit
XP_057802062.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 442 826 1.5e-73 248.5 G-protein alpha subunit
XP_057802063.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 442 826 1.5e-73 248.5 G-protein alpha subunit
XP_057802064.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 442 826 1.5e-73 248.5 G-protein alpha subunit
XP_057802065.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 442 826 1.5e-73 248.5 G-protein alpha subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

12 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946082.1
CATTTTCCACTCTGTCATCGTCATCAGACAGTCTAAACTACTGGTGCACTCAAGTGGGACCCATCTCTCTCTTTCTTTATCTCTAACTATGCTCAGCACATCTCGCATATGCTTATGGAAGGATATTAGATATCTATTGTGGTTTGGGATACCATTGATCTGTGGCCGTGGTTGAAGATTGTATAGATAACAAGTTGTGTTACTCCCCTTTCCTTCCGTAGATTGTTGGATATTAGGGAAGCTTCTTTGTTGAATTTTCT...
XM_057946079.1
CATCGTCATCAGACAGTCTAAACTACTGGTGCACTCAAGTGGGACCCATCTCTCTCTTTCTTTATCTCTAACTATGCTCAGCACATCTCGCATATGCTTATGGAAGGTTTCTTAGGAGCAGAAATGTCAATGGATTTGAAATTGGAACTGCAAACTGCTCATTTTTGTGAACTTTCCTGCAGTTTTTTATGTGATTCAAAGTTGTGTTAAGCCCCTTTCCTTTCACAGATTGTTGGGTACTATTAGGGAAGCTTCTTTGT...

CDS

12 records

下载 CDS FASTA
LOC131017353
ATGGATAAAAATGGGGGTGAGGATTGGAGGGAGATGGTGAGGAAAATGCTTCCTCCGGGGGCTCCCTTTCCCGAAGAGGATAGCATGGATTATTCGATAGCATTAGAGTATAAGGGCCCTCCAATTTCGTATGAGCTTCCAAGAGTACAACCCGTTGACACGACTGCAGATGCAGTTCCAGTAGCTGAACCTGATTCAGAATCTACAAGTGAAACAGCCCATGTGCTAGAACCAATCCGTTTGCCTGTGTCCCGTATTGC...
LOC131017353
ATGGATAAAAATGGGGGTGAGGATTGGAGGGAGATGGTGAGGAAAATGCTTCCTCCGGGGGCTCCCTTTCCCGAAGAGGATAGCATGGATTATTCGATAGCATTAGAGTATAAGGGCCCTCCAATTTCGTATGAGCTTCCAAGAGTACAACCCGTTGACACGACTGCAGATGCAGTTCCAGTAGCTGAACCTGATTCAGAATCTACAAGTGAAACAGCCCATGTGCTAGAACCAATCCGTTTGCCTGTGTCCCGTATTGC...

Protein

12 records

下载 Protein FASTA
XP_057802053.1
MDKNGGEDWREMVRKMLPPGAPFPEEDSMDYSIALEYKGPPISYELPRVQPVDTTADAVPVAEPDSESTSETAHVLEPIRLPVSRIATVTCPPSQSPRMSGSSESVVSVLQNADSSSRTPSPSPSASLGSVYSQKSSVPREPANEGRRATVVTFNTFDRSEGRVPDTEKQVYPEFVGVTKEKKKKRKQTRFCYRCGKGKWETKESCLVCNAKYCSNCVLRSMGSMPEGRKCVACIGEPIDEPNRAKLGKHSRVLSHLLSP...
XP_057802055.1
MDKNGGEDWREMVRKMLPPGAPFPEEDSMDYSIALEYKGPPISYELPRVQPVDTTADAVPVAEPDSESTSETAHVLEPIRLPVSRIATVTCPPSQSPRMSGSSESVVSVLQNADSSSRTPSPSPSASLGSVYSQKSSVPREPANEGRRATVVTFNTFDRSEGRVPDTEKQVYPEFVGVTKEKKKKRKQTRFCYRCGKGKWETKESCLVCNAKYCSNCVLRSMGSMPEGRKCVACIGEPIDEPNRAKLGKHSRVLSHLLSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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