Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000741`

染色体: Chr03 坐标: 8418484-8419344 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000741`
名称	SmilChr03G000741
描述	uncharacterized SmilChr03G000741
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	8418484 - 8419344 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018256`
GeneID	`131018256`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018256`
原始查询	`SmilChr03G000741`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G21000` (AT3G21000) Gag-Pol-related retrotransposon family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821651] identity=28; qcov=0.913; evalue=9.57e-21; confidence=low
Rice	`Os08g0125300` - identity=27; qcov=0.867; evalue=3.03e-23; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13961 (DUF4219); PF14223 (Retrotran_gag_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018256

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057802962.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057802962.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057802962.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802962.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802962.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:8418620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,C72
`Chr3:8418652`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr3:8418688`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B109,C72
`Chr3:8418778`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B38
`Chr3:8418805`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B85
`Chr3:8418805`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr3:8418832`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A7,B110,B36,B80,B81,B83,C59
`Chr3:8418877`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:8419000`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr3:8419048`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr3:8419066`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:8419103`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802962.1

286 aa

143

286

DUF4219

Retrotran_gag_2

PF13961 DUF4219 13-39 aa PF14223 Retrotran_gag_2 25-203 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802962.1`	Pfam	`PF13961`	DUF4219	Domain	13	39	4.1e-07	30.3	Domain of unknown function (DUF4219)
`XP_057802962.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	25	203	3.7e-35	121.9	gag-polypeptide of LTR copia-type

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946979.1
ATGGCGTCGTCAAGTCTCTCCATCACGACTCCAATATTCAATGGAGAAAACTATGGCTATTGGAGTGTTCGTATGAAGACTTGCCTTGAATCCCATGATCTTTGGGGTGTCATTGAAGAAGGAATCACCATGCCGGGAGAAGATATCGACAAGACATCCTCATCCGAGGTACATAAGAAATTAAAGCAACAAAATGCTAAAGCTCTTTATCTTCTCCAACAATCTGTTAGTGATTCTATCATGGCAAGAATTATTCGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018256
ATGGCGTCGTCAAGTCTCTCCATCACGACTCCAATATTCAATGGAGAAAACTATGGCTATTGGAGTGTTCGTATGAAGACTTGCCTTGAATCCCATGATCTTTGGGGTGTCATTGAAGAAGGAATCACCATGCCGGGAGAAGATATCGACAAGACATCCTCATCCGAGGTACATAAGAAATTAAAGCAACAAAATGCTAAAGCTCTTTATCTTCTCCAACAATCTGTTAGTGATTCTATCATGGCAAGAATTATTCGAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802962.1
MASSSLSITTPIFNGENYGYWSVRMKTCLESHDLWGVIEEGITMPGEDIDKTSSSEVHKKLKQQNAKALYLLQQSVSDSIMARIIRATTAKEAWDILKEEFQGNVKVRTIELQSLRRELENLKMKDSEAAKDYFSRIMEIINQMRSYGDNVSDERIVQKVLISLTEKYDPVVAAIEESKDLSKMPVTELMGSLEAHEQRLSRRHESSLESAFQSKLNVRGNKSRSGGNFKTNHKEGSSSNKESKANFPPCGICKKTNHLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器