当前解析结果
SmilChr03G000749| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000749 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000749 |
| 描述 | probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 8567805 - 8568735 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018257 |
|---|---|
| GeneID | 131018257 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018257 |
| 原始查询 | SmilChr03G000749 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570 |
| 产物 | probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570 |
| Arabidopsis | AT3G47580 (AT3G47580)Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823912] identity=38.9; qcov=1.07; evalue=2.21e-59; confidence=medium |
| Rice | Os11g0692500- identity=41.4; qcov=1.04; evalue=5.26e-73; confidence=medium |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018257 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057802964.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057802964.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057802964.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057802964.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802964.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:8567835 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A9 |
Chr3:8567858 |
TGG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 4 | A4,B115,B71,B98 |
Chr3:8567858 |
TGG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 4 | A4,B115,B71,B98 |
Chr3:8567876 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B102,B123,B41,C10,C74 |
Chr3:8567892 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | D10 |
Chr3:8567892 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr3:8567917 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 92 | A1,A10,A16,A20,A24,A3,A5,A7,B100,B102,B103,B108,B11,B117,B119,B12,B120,B124,B127,B128,B129,B135,B136,B138,B139,B140,B18,B19,B2,B20,B22,B23,B24,B26,B30,B37,B40,B46,B48,B49,B5,B52,B56,B57,B58,B60,B61,B63,B68,B69,B75,B78,B81,B85,B87,B90,B92,B93,B95,B96,C1,C12,C13,C25,C36,C37,C38,C40,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C70,C71,C74,C79,C85,C9,D2,D3,D5,D6,D8 |
Chr3:8567931 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A7,B20,C55,D8 |
Chr3:8567940 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A4,B115,B71,B98,C83 |
Chr3:8567956 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B102,B123,B41,C10,C74 |
Chr3:8568025 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C14 |
Chr3:8568059 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A4,B115,B71,B98 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802964.1PF00069
Pkinase 9-263 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 10-209 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802964.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 9 | 263 | 2.9e-30 | 106.3 | Protein kinase domain |
XP_057802964.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 10 | 209 | 2e-31 | 110.0 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。