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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000777

染色体: Chr03 坐标: 8856531-8857283 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000777
名称SmilChr03G000777
描述probable disease resistance protein At1g58602
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向8856531 - 8857283 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017395
GeneID131017395
locus_tag-
NCBI NameLOC131017395
原始查询SmilChr03G000777

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable disease resistance protein At1g58602
产物probable disease resistance protein At1g58602
ArabidopsisAT5G35450 (AT5G35450)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508]
identity=41.9; qcov=0.594; evalue=7.7e-28; confidence=medium
RiceOs10g0162846
-
identity=28.5; qcov=0.631; evalue=6.42e-12; confidence=low
GOGO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017395

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802117.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057802117.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057802117.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802117.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802117.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:8856580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,C11,C2,C21
Chr3:8856632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,B95,C1
Chr3:8856636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,B95,C1
Chr3:8856637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,B95,C1
Chr3:8856682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:8856692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:8856796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr3:8856798 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B75
Chr3:8856862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr3:8856866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,C60
Chr3:8856870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr3:8856889 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946134.1
ATTGGAAGTTATCGATTAACATTGGACGAGGGAGTGGTTGGCTTGGAGAGTCTGGTGGGATTGGATAGTAGAGTGCATGAATTAAAATGTCTGAACAAAATGAAGAATTTGCGACGTTTTTCAGCAAGCATACACGATAATGAAAGCTTGTCAGCTATCATGAATGCCATTGCTACCAACTGGAACAAGTTAATGCGTTGTATGGTTGAAATCAATTCGGGTTGCGAGTTAGGAACAAATGAGGGTGTGTTGAAAAAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017395
ATGAAGAATTTGCGACGTTTTTCAGCAAGCATACACGATAATGAAAGCTTGTCAGCTATCATGAATGCCATTGCTACCAACTGGAACAAGTTAATGCGTTGTATGGTTGAAATCAATTCGGGTTGCGAGTTAGGAACAAATGAGGGTGTGTTGAAAAAGGCATTCACATGTCCCAATCTTCATTCCTTGTGGATTGCAGTTAAGTTGGGGAATGTGATATCAGAGTGCGGGAGTGCCTTCATCAGCTCTAAACTTACAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802117.1
MKNLRRFSASIHDNESLSAIMNAIATNWNKLMRCMVEINSGCELGTNEGVLKKAFTCPNLHSLWIAVKLGNVISECGSAFISSKLTSLILLKCEIEDDPMGILGKLPCLTYLSLFTESFVGKKMTCPSNSFPRLKMLFLSKLPNLREWRVEAGAMPLLYQLVIHDCSSLEMLPDGLRGISTLRELWINRMPEMGKRVSALGGDFHKVTHVPEIIIQD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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