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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000785

染色体: Chr03 坐标: 8941038-8944930 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000785
名称SmilChr03G000785
描述disease resistance RPP8-like protein 3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向8941038 - 8944930 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017402
GeneID131017402
locus_tag-
NCBI NameLOC131017402
原始查询SmilChr03G000785

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述disease resistance RPP8-like protein 3
产物disease resistance RPP8-like protein 3
ArabidopsisAT5G35450 (AT5G35450)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508]
identity=28.2; qcov=0.91; evalue=1.67e-59; confidence=low
RiceOs08g0193700
-
identity=25.9; qcov=0.927; evalue=2.3e-52; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017402

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057802126.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057802126.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057802126.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802126.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802126.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:8941272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr3:8941352 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B91,C6
Chr3:8941352 AT A 1bp_deletion CDS_variant 2 B91,C6
Chr3:8941420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr3:8941443 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr3:8941570 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 3 B83,B97,C76
Chr3:8941570 CTT C 2bp_deletion CDS_variant 3 B83,B97,C76
Chr3:8941599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B83,B97,C76,D10
Chr3:8941601 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 3 B83,B97,C76
Chr3:8941601 A AG 1bp_insertion CDS_variant 3 B83,B97,C76
Chr3:8941613 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 3 B83,B97,C76
Chr3:8941613 A AG 1bp_insertion CDS_variant 3 B83,B97,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802126.1
823 aa
N
1
412
823
NB-ARC
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 136-295 aa PF23598 LRR_14 502-783 aa
XP_057802127.1
823 aa
N
1
412
823
NB-ARC
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 136-295 aa PF23598 LRR_14 502-783 aa
XP_057802128.1
823 aa
N
1
412
823
NB-ARC
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 136-295 aa PF23598 LRR_14 502-783 aa
XP_057802129.1
823 aa
N
1
412
823
NB-ARC
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 136-295 aa PF23598 LRR_14 502-783 aa
XP_057802130.1
823 aa
N
1
412
823
NB-ARC
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 136-295 aa PF23598 LRR_14 502-783 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802126.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 136 295 2.7e-27 96.2 NB-ARC domain
XP_057802126.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 502 783 4.9e-33 115.1 Leucine-rich repeat region
XP_057802127.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 136 295 2.7e-27 96.2 NB-ARC domain
XP_057802127.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 502 783 4.9e-33 115.1 Leucine-rich repeat region
XP_057802128.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 136 295 2.7e-27 96.2 NB-ARC domain
XP_057802128.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 502 783 4.9e-33 115.1 Leucine-rich repeat region
XP_057802129.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 136 295 2.7e-27 96.2 NB-ARC domain
XP_057802129.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 502 783 4.9e-33 115.1 Leucine-rich repeat region
XP_057802130.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 136 295 2.7e-27 96.2 NB-ARC domain
XP_057802130.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 502 783 4.9e-33 115.1 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946146.1
AAAATCCCTAATTCTACTCAAACGAAAGTCACTATTCAGAGCACTAAATTTAATCACAATAAAGACCACCACCCGCCGCGTTGCCCAACCGCTGCTCGCTCGATGCCATCACCTCCTTCTGCCCTTGGTCCGTCGCCGGCAGCCGAGGCATCCCCTCATTGTTGTTTTCTAGCTACGGATGTAGTTTGGTCCAATTAAGCAAGAAAGCTAAAAGGAAGCAAAGACATGGCGGAGGCCCTCCTCTTATCGGTGATAGAGAA...
XM_057946143.1
AAAATCCCTAATTCTACTCAAACGAAAGTCACTATTCAGAGCACTAAATTTAATCACAATAAAGACCACCACCCGCCGCGTTGCCCAACCGCTGCTCGCTCGATGCCATCACCTCCTTCTGCCCTTGGTCCGTCGCCGGCAGCCGAGATATATATCACACTCGATCTACCGTTCCAATAACACACGCCGGCAAATTAAGTTGAGAAAAATGGAGGATTGAATAGGAAAGATAAGAAGAAGAATCACAAAAAGCTACGGAT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131017402
ATGGCGGAGGCCCTCCTCTTATCGGTGATAGAGAAGCTGGACATTAATTATCGAAATGACGAAACAAATGAAATTGGAAGTGTAATTGAAGAGATGAGAGAGATTGTGGATATTGTGAGGGATAAGAAAATGGAAGAGGGGAGAAGCCTAAATTTTTTGGTATGTGACCTTGTCGACATGGCTGAGGATGCCCTCGACCTTTACAGAAAACGGGAAACCCATCAAAAGTACTATGATTCCATCCATGGTTGGATCGGAGA...
LOC131017402
ATGGCGGAGGCCCTCCTCTTATCGGTGATAGAGAAGCTGGACATTAATTATCGAAATGACGAAACAAATGAAATTGGAAGTGTAATTGAAGAGATGAGAGAGATTGTGGATATTGTGAGGGATAAGAAAATGGAAGAGGGGAGAAGCCTAAATTTTTTGGTATGTGACCTTGTCGACATGGCTGAGGATGCCCTCGACCTTTACAGAAAACGGGAAACCCATCAAAAGTACTATGATTCCATCCATGGTTGGATCGGAGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057802126.1
MAEALLLSVIEKLDINYRNDETNEIGSVIEEMREIVDIVRDKKMEEGRSLNFLVCDLVDMAEDALDLYRKRETHQKYYDSIHGWIGEIKKRMLKLGDDGMEAESNMRSSENVDDKYVVGLEEDVQMLLRTKIIGVKGDLETVLIKGMCGTGKTTLAREIYNHATVIERFKHRAWVCVSTNSTLKELLIKLIQQVVPENLHTSSLLENMDNRSLRDMIRQHLQGKRHFIVLDNVPKQMHVRSFLKALPGSIDGSILLLTSH...
XP_057802127.1
MAEALLLSVIEKLDINYRNDETNEIGSVIEEMREIVDIVRDKKMEEGRSLNFLVCDLVDMAEDALDLYRKRETHQKYYDSIHGWIGEIKKRMLKLGDDGMEAESNMRSSENVDDKYVVGLEEDVQMLLRTKIIGVKGDLETVLIKGMCGTGKTTLAREIYNHATVIERFKHRAWVCVSTNSTLKELLIKLIQQVVPENLHTSSLLENMDNRSLRDMIRQHLQGKRHFIVLDNVPKQMHVRSFLKALPGSIDGSILLLTSH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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