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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000786

染色体: Chr03 坐标: 8949292-8949900 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000786
名称SmilChr03G000786
描述probable disease resistance protein RF9
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向8949292 - 8949900 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018265
GeneID131018265
locus_tag-
NCBI NameLOC131018265
原始查询SmilChr03G000786

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable disease resistance protein RF9
产物probable disease resistance protein RF9
ArabidopsisAT1G59218 (AT1G59218)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842234]
identity=37.6; qcov=0.5; evalue=4.52e-14; confidence=low
RiceOs10g0162846
-
identity=28.5; qcov=1.02; evalue=7.42e-13; confidence=low
GOGO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018265

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802971.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057802971.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057802971.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802971.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802971.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:8949326 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 9 B41,B5,B65,B95,B98,C10,C64,C70,C9
Chr3:8949336 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B52,B59
Chr3:8949336 A AAG 2bp_insertion CDS_variant 2 B52,B59
Chr3:8949341 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B52,B59
Chr3:8949341 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B52,B59
Chr3:8949415 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 D10,D11
Chr3:8949415 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 D10,D11
Chr3:8949427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B123,B19
Chr3:8949429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,B62,B75,B76
Chr3:8949463 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr3:8949498 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 A11,B14,B26,C28
Chr3:8949498 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 A11,B14,B26,C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946988.1
ATGCCGTCTTATCTTAGGAAATTGGGGATAGAAGGATTGGATGGAAACTCAGATGTAAGCAAGCTCTTTATGGAATTGGTTCACTTGAGGTTTATTGATCATCTGATCTTAAGAGGGTTTCATTTCAGAACAATGCCTTGTTTGGATGGGCTTTATAATCTACAAATCGATATTCTCAAGTTGGATGGACTCCTTGCCAGCTTACCAAATTTCCCTTACAAAATTGAATCATTGACGTTGGTTAACAGCAGTCTTGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018265
ATGCCGTCTTATCTTAGGAAATTGGGGATAGAAGGATTGGATGGAAACTCAGATGTAAGCAAGCTCTTTATGGAATTGGTTCACTTGAGGTTTATTGATCATCTGATCTTAAGAGGGTTTCATTTCAGAACAATGCCTTGTTTGGATGGGCTTTATAATCTACAAATCGATATTCTCAAGTTGGATGGACTCCTTGCCAGCTTACCAAATTTCCCTTACAAAATTGAATCATTGACGTTGGTTAACAGCAGTCTTGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802971.1
MPSYLRKLGIEGLDGNSDVSKLFMELVHLRFIDHLILRGFHFRTMPCLDGLYNLQIDILKLDGLLASLPNFPYKIESLTLVNSSLDEDPMPLLGELGCLTHLKLRNAFTGREMVILHDGFPDLNVLCIEEMWNLKNVQIEKGGMSSLEKLEIKNCPSLESLPEEIGSMALLKELKMVTTKSIATKIRNSDLISKIWKVNINP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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