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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000787

染色体: Chr03 坐标: 8961464-8962555 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000787
名称SmilChr03G000787
描述uncharacterized SmilChr03G000787
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向8961464 - 8962555 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018267
GeneID131018267
locus_tag-
NCBI NameLOC131018267
原始查询SmilChr03G000787

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT2G06105 (AT2G06105)
aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]
identity=38.9; qcov=0.198; evalue=5.3e-10; confidence=weak
RiceOs12g0292200
-
identity=45.3; qcov=0.262; evalue=4.02e-20; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018267

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057802972.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057802972.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057802972.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057802972.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057802972.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:8961466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B65,B75
Chr3:8961468 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr3:8961472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr3:8961480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr3:8961489 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C34
Chr3:8961538 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:8961545 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B75,B83,C34,C49
Chr3:8961560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B35,B65,B75
Chr3:8961565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B55,C39
Chr3:8961625 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C1,C21,C85
Chr3:8961663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:8961666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946989.1
ATGTCTATGGGAAATCCTGAACCAGCTGTGGAGGATCCGACAGGCATAGAAGACGCCCACTTCATTCATGGGAGGAACTTCGGGAATTTCCAGCGTGGACAGCAGAGTGGCTACAATAGAGGACAACAATATCAGCAAGGAGGCCGCTCACACCCGAATTTGTCATATGGGAATCCCAACAATGCAATTCAACCTCCACCAGGCTTCTCGGTTACCAACGGAGTGATAAACGAAGAGAAGAAGCCAAATCTTGAGGAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018267
ATGTCTATGGGAAATCCTGAACCAGCTGTGGAGGATCCGACAGGCATAGAAGACGCCCACTTCATTCATGGGAGGAACTTCGGGAATTTCCAGCGTGGACAGCAGAGTGGCTACAATAGAGGACAACAATATCAGCAAGGAGGCCGCTCACACCCGAATTTGTCATATGGGAATCCCAACAATGCAATTCAACCTCCACCAGGCTTCTCGGTTACCAACGGAGTGATAAACGAAGAGAAGAAGCCAAATCTTGAGGAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802972.1
MSMGNPEPAVEDPTGIEDAHFIHGRNFGNFQRGQQSGYNRGQQYQQGGRSHPNLSYGNPNNAIQPPPGFSVTNGVINEEKKPNLEELLMKFVAKSDERMEKLESNAAAVGTQMKMFETQLGQLANAFTNLHQQGQFPSNTTVNPKEHCKAINLRSGTTYEGPKMPEDEIVSPVDEKEAEEVTVEVSGKKKNEKQKTTSPAIVTLPFPHRHQKEKVKQQFSKFLEIFKKLHINLPLVEALQEMPQYAKFLKDIISRKKRLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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