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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000790`

染色体: Chr03 坐标: 9006673-9007268 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000790`
名称	SmilChr03G000790
描述	protein WHAT'S THIS FACTOR 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	9006673 - 9007268 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018269`
GeneID	`131018269`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018269`
原始查询	`SmilChr03G000790`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein WHAT'S THIS FACTOR 1, chloroplastic-like
产物	protein WHAT'S THIS FACTOR 1%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G62990` (emb1692) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836419] identity=46.2; qcov=1.18; evalue=1.64e-43; confidence=medium
Rice	`Os04g0312100` - identity=30.4; qcov=1.15; evalue=1.88e-16; confidence=low
GO	GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF11955 (PORR)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018269

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057802975.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057802975.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057802975.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802975.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802975.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:9007037`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr3:9007068`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,C44
`Chr3:9007102`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B102,C44
`Chr3:9007102`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B102,C44
`Chr3:9007168`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B77,B9,B99,C22,C26
`Chr3:9007169`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,C23,D7
`Chr3:9007205`	`GAT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	12	B107,B122,B17,B22,B23,B26,C18,C39,C4,C46,C78,C87
`Chr3:9007210`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B44,C47,C53,C86
`Chr3:9007224`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802975.1

178 aa

178

PORR

PF11955 PORR 64-178 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802975.1`	Pfam	`PF11955`	PORR	Family	64	178	5.5e-21	75.6	Plant organelle RNA recognition domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946992.1
ATGATCCGCCGCTATCCCACTATCTTCAAGCTCTTCTCTATCCCCAATCCTCCTACTCCGTACGTTCCAAGTTCCACGCTGCCAGCCCTCTCTCTCAGCTTTGCGTCCCTCACCCCTCCTGCTGTAGCCCTTGCTAAAAAGGAGTCTGCTCTTAAGAAATCTATCCCTGCCTGTCAACTTCTGCTCCCCCGCCTCTGCAATGACCATCTGGATAAGTTTAAAGTTGTGGAAGCTTCTTATGGGCGCGCTCTTGAGCTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018269
ATGATCCGCCGCTATCCCACTATCTTCAAGCTCTTCTCTATCCCCAATCCTCCTACTCCGTACGTTCCAAGTTCCACGCTGCCAGCCCTCTCTCTCAGCTTTGCGTCCCTCACCCCTCCTGCTGTAGCCCTTGCTAAAAAGGAGTCTGCTCTTAAGAAATCTATCCCTGCCTGTCAACTTCTGCTCCCCCGCCTCTGCAATGACCATCTGGATAAGTTTAAAGTTGTGGAAGCTTCTTATGGGCGCGCTCTTGAGCTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802975.1
MIRRYPTIFKLFSIPNPPTPYVPSSTLPALSLSFASLTPPAVALAKKESALKKSIPACQLLLPRLCNDHLDKFKVVEASYGRALELVSWDNSLAKALPWHDEDESLELIVDRPLKFKHLRLRKELNIKKWHHDYLIKFKEFLDVCPYISNLKELVKELIRAGKTACGVVREVLGMTME

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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