当前解析结果
SmilChr03G000803| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000803 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000803 |
| 描述 | transcription factor MYB30-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 9184666 - 9187348 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018273 |
|---|---|
| GeneID | 131018273 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018273 |
| 原始查询 | SmilChr03G000803 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor MYB30-like |
| 产物 | transcription factor MYB30-like |
| Arabidopsis | AT1G79180 (MYB63)myb domain protein 63 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844259] identity=54.9; qcov=0.657; evalue=1.88e-48; confidence=medium |
| Rice | Os10g0478300 (MYB110)- identity=57.5; qcov=0.556; evalue=8.54e-48; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018273 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057802979.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802979.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802979.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057802979.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057802979.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:9184686 |
GTA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 36 | A10,B1,B127,B19,B24,B26,B35,B36,B40,B41,B42,B43,B5,B55,B57,B65,B77,B89,C12,C16,C17,C3,C30,C34,C35,C39,C5,C50,C70,C75,C77,C82,C83,C9,D4,D5 |
Chr3:9184703 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 16 | A21,B1,B35,B36,B57,B89,C16,C17,C30,C34,C35,C5,C50,C70,C75,D4 |
Chr3:9184831 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,B50 |
Chr3:9186966 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,D9 |
Chr3:9187009 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,D9 |
Chr3:9187040 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B111 |
Chr3:9187040 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B111 |
Chr3:9187041 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B131,D9 |
Chr3:9187042 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B127,B131,B65,D9 |
Chr3:9187335 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802979.1PF00249
Myb_DNA-binding 14-61 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 17-76 aa
PF00249
Myb_DNA-binding 67-109 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 70-129 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802979.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 14 | 61 | 1e-33 | 115.9 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057802979.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 17 | 76 | 9.9e-23 | 80.8 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057802979.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 67 | 109 | 1e-33 | 115.9 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057802979.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 70 | 129 | 9.9e-23 | 80.8 | Myb-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。