Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000814`

染色体: Chr03 坐标: 9309624-9316238 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000814`
名称	SmilChr03G000814
描述	uncharacterized SmilChr03G000814
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	9309624 - 9316238 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017418`
GeneID	`131017418`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017418`
原始查询	`SmilChr03G000814`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0517900; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os02g0517900; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os02g0517900` - identity=25.4; qcov=0.174; evalue=3.96e-11; confidence=weak
GO	GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02902 (Peptidase_C48); PF29561 (DUF8566)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017418

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057802154.1`
2	Chromosome	染色体	0.80000	`XP_057802154.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802154.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802154.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057802154.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:9309759`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr3:9309788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B108,B126,B133,C49,C67
`Chr3:9309788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B126,B133,C49,C67
`Chr3:9309815`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B26,B61,B65,B89
`Chr3:9309818`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C53
`Chr3:9309892`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B117,B12
`Chr3:9309897`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,C80
`Chr3:9309919`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B10,C16,C33,C80
`Chr3:9309919`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,C16,C33,C80
`Chr3:9309959`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,B61
`Chr3:9309970`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B10,C80
`Chr3:9309970`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B10,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802154.1

1111 aa

556

1111

DUF8566

Peptidase_C48

PF29561 DUF8566 251-452 aa PF02902 Peptidase_C48 934-1048 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802154.1`	Pfam	`PF29561`	DUF8566	Domain	251	452	1.7e-48	165.8	Domain of unknown function (DUF8566)
`XP_057802154.1`	Pfam	`PF02902`	Peptidase_C48	Domain	934	1048	1.1e-06	29.4	Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946171.1
GCAATAAATATTCAAGCTTTTACTGCACCATTTTTTTTACTTTCTTCTCCACCTTTGTTCACGCCGGAATCGCAAAAGGCGGAGAATACAAGACAACTTTCACCTTGTTCACGCCGGGCTTCGGAATAGATGAGGATGCGGTCGGGTTTCACTGGGAAGAGAGCTGAAGGGCATTTTCCTACACCACCAGTTAAAGAAATAATCTTGCAGAATAAGATGAATGCAGCACAGGCGAAAGCTACCAAGTGGAGGCAAAAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017418
ATGAGGATGCGGTCGGGTTTCACTGGGAAGAGAGCTGAAGGGCATTTTCCTACACCACCAGTTAAAGAAATAATCTTGCAGAATAAGATGAATGCAGCACAGGCGAAAGCTACCAAGTGGAGGCAAAAAATGCTTCATAAGGCGCAAATATATCTTGATTACATGGCTAGGAAAGCCCAGCGTGAGGCAGCTGCCACTGCAGGTATATCAGAAAATATTGTCAATGAGCGCCCAACAGAAGATGTTGTAGACATATCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802154.1
MRMRSGFTGKRAEGHFPTPPVKEIILQNKMNAAQAKATKWRQKMLHKAQIYLDYMARKAQREAAATAGISENIVNERPTEDVVDISNSITKDSTAATTGISENIVNERPTEDVVDISNSINKDSTAHDTKLKDASIDVEVEDSEDDDMPVVQRKRTRSATRALLKSSDAQEKGCFSKRGRYTKEEKGKSILDPGMVADTTKIEDVNIEDKKTKVNVPKNPVDIRCKRRGRRTNQPREADNVEGGKFPKLNTRTCVAALFD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器