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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000823

染色体: Chr03 坐标: 9424805-9425968 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000823
名称SmilChr03G000823
描述replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向9424805 - 9425968 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017426
GeneID131017426
locus_tag-
NCBI NameLOC131017426
原始查询SmilChr03G000823

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D-like
产物replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D-like
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0214100 (OsRPA1)
-
identity=30.4; qcov=0.964; evalue=5.62e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017426

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802157.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057802157.1
3 Telomere 端粒 0.40000 XP_057802157.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802157.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802157.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:9425077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,B23
Chr3:9425233 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 126 A10,A15,A16,A18,A21,A23,A4,A9,B101,B103,B105,B107,B109,B11,B113,B117,B119,B122,B127,B131,B134,B138,B139,B15,B16,B20,B21,B22,B24,B26,B28,B29,B3,B34,B36,B37,B38,B39,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B5,B51,B52,B54,B55,B62,B64,B65,B66,B67,B69,B7,B70,B76,B78,B80,B83,B85,B88,B9,B90,B92,B93,B94,B98,B99,C1,C11,C15,C18,C19,C20,C21,C24,C26,C27,C3,C31,C32,C34,C35,C37,C39,C4,C40,C42,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C51,C53,C56,C6,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C7,C72,C77,C78,C79,C81,C82,C83,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D5,D6,D8
Chr3:9425242 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 12 A10,A16,A3,B117,B19,B48,B64,B84,C41,C80,C84,D2
Chr3:9425404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:9425405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B85,D11
Chr3:9425412 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 57 A15,A18,A2,A20,A22,A4,A5,A9,B107,B108,B117,B134,B137,B139,B16,B20,B22,B23,B26,B28,B30,B32,B33,B42,B54,B59,B6,B62,B65,B66,B75,B80,B82,B83,B89,B9,B93,C15,C24,C26,C31,C32,C39,C4,C42,C47,C48,C59,C68,C71,C76,C77,C81,C82,C83,D10,D9
Chr3:9425419 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B8,C42,C60
Chr3:9425419 GC G 1bp_deletion CDS_variant 3 B8,C42,C60
Chr3:9425427 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B110,B65
Chr3:9425427 A AC 1bp_insertion CDS_variant 2 B110,B65
Chr3:9425457 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 7 A7,B104,B14,B31,C34,C79,D8
Chr3:9425458 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 27 A14,A15,B107,B113,B114,B119,B129,B134,B136,B41,B47,B58,B74,B88,B97,C16,C23,C24,C33,C39,C4,C43,C46,C52,C74,C86,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946174.1
CCAAAAATTTGAGGTGAATAGTTAATCTCTAATGGAGAGGTTAGACAGGTTGATCGGCGATATCCTAGCATACATCCTAAAAAAGAATTGATTCTCAAAAAGTACACCGTTGTGACCGAAACATTTGATAGTATTGATATGAAGATACAATACAATTTTGTTGAGTTCAAAGATATAGAATCAAAGTTTGACAAAAAAGAAGAATTCGGTAAGAGAGAAGATGTCTTTGGAACTTTGGTACGAGTTGAAAATAGTAAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017426
ATGAAGATACAATACAATTTTGTTGAGTTCAAAGATATAGAATCAAAGTTTGACAAAAAAGAAGAATTCGGTAAGAGAGAAGATGTCTTTGGAACTTTGGTACGAGTTGAAAATAGTAAAATGGTACCAACGAAAACCACATCGGGTGCACATTCAAAAACAATGAGAGACATAACTATCGTAAACAAAGAGAATCAATTTATGGAAATTAGTCTTTGGGAAGATATGGCCATAAATGAAGGAGATAAGCTACAAAAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802157.1
MKIQYNFVEFKDIESKFDKKEEFGKREDVFGTLVRVENSKMVPTKTTSGAHSKTMRDITIVNKENQFMEISLWEDMAINEGDKLQKVLEQNPIIVITNVTAKKFLGALQLQSTVRSVLKLHQNVQRLNIWSKDPMKLMIH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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