Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000835`

染色体: Chr03 坐标: 9571992-9575363 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000835`
名称	SmilChr03G000835
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-17
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	9571992 - 9575363 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017436`
GeneID	`131017436`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017436`
原始查询	`SmilChr03G000835`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-17
产物	putative late blight resistance protein homolog R1B-17
Arabidopsis	`AT1G50180` (AT1G50180) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841440] identity=28.7; qcov=1.01; evalue=1.7e-76; confidence=low
Rice	`Os08g0424700` (P0456B03.103) - identity=28.7; qcov=0.98; evalue=5.27e-76; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017436

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057802166.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802166.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802166.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802166.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802166.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:9572419`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,B5,B57
`Chr3:9572483`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr3:9572518`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,C10,C42
`Chr3:9572552`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C23
`Chr3:9572582`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,D7
`Chr3:9572619`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,B5,B57
`Chr3:9572644`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A2,A9,B110,B115,B117,B134,B49,C31,C57,C82
`Chr3:9572743`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr3:9572786`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr3:9572803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B29,C28
`Chr3:9572835`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr3:9572841`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C21,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802166.1

866 aa

433

866

NB-ARC

WHD_DRP

LRR_14

PF00931 NB-ARC 170-340 aa PF23559 WHD_DRP 428-498 aa PF23598 LRR_14 555-739 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802166.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	170	340	4.3e-41	141.1	NB-ARC domain
`XP_057802166.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	428	498	1.7e-20	73.6	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057802166.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	555	739	2.4e-19	70.1	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946183.1
CATTACCAGTTTCTCTCTCTACAATTGTTATTGTTGTTTAATATGATCTGCAAAATATTGTAGCATGAGCATAGTTTATTTCTTCTCTTCTCATTCTCCCTCTGCAGTTGTTCCATTGTTTCATCTTCGAAATCTAGTATTGAGAGGATAGTTTCTTTCTCTTCATCTCTCTCTCTCTATTTTTATTTCAATGTTCCTTTATAGTTCACCAAAATCTCTTGTATGAAGAGGATTGTTTTTTACCCCTCTTTTTCTCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017436
ATGGCTTATTCTACTCTTGTTTCACTTGAAAGAACCATTGATCAAATCCTCAATCATAATCAACTTTCCATTTCTCCTCATGAAAAAGAACATATTATATCTCTCGATAAATATGTCATTTCACTCCGAGCTTTTCTTGAGAATTTTCCGGAGAAAGCCAAGAGTTTGGAAGCAAGAATGAGGGATGCCGCAATGGAGGCTGAAGATGTTATTGAATTGTACATGTCAGAAAAACTCAGCTTCAATATTAGATATACTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802166.1
MAYSTLVSLERTIDQILNHNQLSISPHEKEHIISLDKYVISLRAFLENFPEKAKSLEARMRDAAMEAEDVIELYMSEKLSFNIRYTHWIEKIMFNIRYSHWIAELSRIKFIFQLRRARDRMDSITGEVVEIKNGIVIKDAQPDDIVGASSSSPRVPEAGKINMVGLDEDLLEIKAWLCGDSRQLQILPITGMGGIGKTTLARNAYDDPLIMEHFHIRAWVTVSQDYSEGRILSDLLDCLKEFDKEWKNEEISRKSNSKMA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器