Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000836`

染色体: Chr03 坐标: 9578562-9582344 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000836`
名称	SmilChr03G000836
描述	uncharacterized SmilChr03G000836
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	9578562 - 9582344 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018281`
GeneID	`131018281`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018281`
原始查询	`SmilChr03G000836`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0539700; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0539700; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os12g0539700` - identity=28.1; qcov=0.757; evalue=4.29e-31; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14214 (Helitron_like_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018281

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057802989.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802989.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802989.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802989.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057802989.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:9579456`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B2,C43,C52,C71
`Chr3:9579456`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B2,C43,C52,C71
`Chr3:9579462`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B17,B68,C78
`Chr3:9579620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr3:9579627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B76,B83,C19,C27
`Chr3:9579630`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr3:9579634`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B38,B39,B53,C50,C6
`Chr3:9579650`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B108,B62,B75,B80
`Chr3:9579673`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B118,B36,C30,C54,C7
`Chr3:9579715`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C29
`Chr3:9579723`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,C10
`Chr3:9579880`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B107,C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802989.1

593 aa

296

593

Helitron_like_N

PF14214 Helitron_like_N 481-591 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802989.1`	Pfam	`PF14214`	Helitron_like_N	Domain	481	591	1.6e-16	61.8	Helitron helicase-like domain at N-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947006.1
TTTTTTTTTTCTATGTGTAATTTGAATATTCATTCTAATTTTTTTATCTAAATTATTATCAAACACATGCTCGTTTATTGACATTCACTTCTTCAAGAGTAGTGAGTATTCTCTGACACTTGAGTAAGTCTCCACAACATGGATTTTCTCTCTTATGTCTTCAAATCCCAGTAAATTAAAATGTATTAGTTTTTAGGCTCAATGTTAAAAAGTATAAACAACTTGAGCTTGCCTATGAAACATCATTTTTTTCAACACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018281
ATGGCAAAAAGAAGACGTGTGCTTTCAACGGAAGATGGCTCAGACGGCCCTGTGACAGCTTCAAGACGTTTATTTTTTAGTTTACCTCCTCCGTCTGTAACTGATATGGCTATGCCAATTATCTTTGACCCTGAGTGTTCGCATGCTCCAGCTACTGAGTCGAGAAGTTTGCGAGATGAGACTTCACAAAAAAGAAAGAGGCGTGTTCTCGTTGTTGACACTGATGGGAGTGTTCCACTCTCGCAAGTGACAGGCTCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802989.1
MAKRRRVLSTEDGSDGPVTASRRLFFSLPPPSVTDMAMPIIFDPECSHAPATESRSLRDETSQKRKRRVLVVDTDGSVPLSQVTGSSSKSGQVFFGPTNAIPCSILSNGCLRRLGSDVTQRPLSNNVNVSRSKCLSKASCGQRRSKRRTSTSRSAMQKDIEMFRRLIEIPNKAYELPHKDPCQHCKAIRFANEPPAFCCASGKIKMQLPKMPDELWNLYVNDMTTLGVEFRRRCRTYNNSLAFTSIKMTYDEALAKVNKG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器