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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000842

染色体: Chr03 坐标: 9612669-9613799 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000842
名称SmilChr03G000842
描述uncharacterized SmilChr03G000842
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向9612669 - 9613799 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018283
GeneID131018283
locus_tag-
NCBI NameLOC131018283
原始查询SmilChr03G000842

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF31073 (DUF8803)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018283

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802991.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057802991.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802991.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802991.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802991.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:9612686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr3:9612702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr3:9612759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B90
Chr3:9612800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr3:9612804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:9612819 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 62 A18,A2,A24,A25,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B102,B107,B121,B122,B128,B130,B135,B19,B20,B3,B31,B32,B36,B42,B43,B44,B46,B5,B51,B53,B61,B66,B74,B75,B79,B83,B9,B95,C14,C16,C25,C36,C42,C44,C51,C54,C58,C60,C68,C69,C70,C71,C75,C77,C78,C82,C83,C87,D3,D6,D9
Chr3:9612827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr3:9612844 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 6 A2,B66,C25,C42,C53,D3
Chr3:9612845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:9613383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B25,C23
Chr3:9613385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr3:9613414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B25,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802991.1
204 aa
N
1
102
204
DUF8803
C
PF31073 DUF8803 135-185 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802991.1 Pfam PF31073 DUF8803 Domain 135 185 2.1e-07 31.4 Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947008.1
ATGAAGATATTTGGAAAGTTGGAGATTAATCTTCCTTTCCTCCAAGCACTCAAACTCCCTCATCTGAGCAAGTTTTTGAAGGACTTCATCGATGGAAAGTCTAAGAAATCTGGAAAGATTGTGATGGGCGAGAACGTGTCAGCAGTGATACGAAAAGAGTTGCCGCCCAAATGCAAGGATCCAGGTTCTGGACATACGGACTGTTTGCCCAAACGGAAACCACGTGACAGAAGTCTGCATTTTGATGTGGAACCACCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018283
ATGAAGATATTTGGAAAGTTGGAGATTAATCTTCCTTTCCTCCAAGCACTCAAACTCCCTCATCTGAGCAAGTTTTTGAAGGACTTCATCGATGGAAAGTCTAAGAAATCTGGAAAGATTGTGATGGGCGAGAACGTGTCAGCAGTGATACGAAAAGAGTTGCCGCCCAAATGCAAGGATCCAGGTTCTGGACATACGGACTGTTTGCCCAAACGGAAACCACGTGACAGAAGTCTGCATTTTGATGTGGAACCACCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802991.1
MKIFGKLEINLPFLQALKLPHLSKFLKDFIDGKSKKSGKIVMGENVSAVIRKELPPKCKDPGSGHTDCLPKRKPRDRSLHFDVEPPDLKDKCVEELHLEAYDAAMWYKDRTKMWHDKNLQGKTFTVGQKVLLFQSKLRLMTGKLKTKWIGPFVIQSVCPHGAFEIRSLDTAKTFTVNGQRLKPFYDASSLVPAESVSLLIPGTF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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