当前解析结果
SmilChr03G000842| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000842 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000842 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G000842 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 9612669 - 9613799 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018283 |
|---|---|
| GeneID | 131018283 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018283 |
| 原始查询 | SmilChr03G000842 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018283 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057802991.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057802991.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802991.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802991.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057802991.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:9612686 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C25 |
Chr3:9612702 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A19 |
Chr3:9612759 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B90 |
Chr3:9612800 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A16 |
Chr3:9612804 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr3:9612819 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 62 | A18,A2,A24,A25,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B102,B107,B121,B122,B128,B130,B135,B19,B20,B3,B31,B32,B36,B42,B43,B44,B46,B5,B51,B53,B61,B66,B74,B75,B79,B83,B9,B95,C14,C16,C25,C36,C42,C44,C51,C54,C58,C60,C68,C69,C70,C71,C75,C77,C78,C82,C83,C87,D3,D6,D9 |
Chr3:9612827 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A16 |
Chr3:9612844 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 6 | A2,B66,C25,C42,C53,D3 |
Chr3:9612845 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr3:9613383 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B25,C23 |
Chr3:9613385 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B111 |
Chr3:9613414 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B25,C23 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802991.1PF31073
DUF8803 135-185 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802991.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 135 | 185 | 2.1e-07 | 31.4 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。