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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000853

染色体: Chr03 坐标: 9757011-9760123 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000853
名称SmilChr03G000853
描述condensin-1 complex subunit CAP-D2-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向9757011 - 9760123 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017447
GeneID131017447
locus_tag-
NCBI NameLOC131017447
原始查询SmilChr03G000853

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述condensin-1 complex subunit CAP-D2-like
产物condensin-1 complex subunit CAP-D2-like
ArabidopsisAT3G57060 (AT3G57060)
binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824873]
identity=82.2; qcov=0.988; evalue=3.34e-145; confidence=high
RiceOs07g0659500 (P0496C02.109)
-
identity=76.3; qcov=0.988; evalue=3.21e-136; confidence=high
GOGO:0000779 (condensed chromosome, centromeric region); GO:0007076 (mitotic chromosome condensation); GO:0010032 (meiotic chromosome condensation); GO:0042393 (histone binding)
KEGG-
PfamPF12717 (Cnd1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017447

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802191.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057802191.1
3 Centromere 着丝粒 0.40000 XP_057802191.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057802191.1
5 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057802191.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:9757320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802191.1
256 aa
N
1
128
256
Cnd1
C
PF12717 Cnd1 33-193 aa
XP_057802192.1
256 aa
N
1
128
256
Cnd1
C
PF12717 Cnd1 33-193 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802191.1 Pfam PF12717 Cnd1 Repeat 33 193 2.9e-50 171.2 non-SMC mitotic condensation complex subunit 1
XP_057802192.1 Pfam PF12717 Cnd1 Repeat 33 193 2.9e-50 171.2 non-SMC mitotic condensation complex subunit 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946208.1
ACTCCCTTCGCGTCGTCCATCCTGAACGCCCCACCCACCGCCGTCGCCGTCGATTGTTGTGCCTCGCCTCGGTGTCGCCGTCACCGTCGATTGCTGCGCCTCGCCTCGCCGTCGCCGTCGATTGCTCGCCTCGCCTCGCCATCTCCGTCGATTGCTGTGCTTTGTCGTCGATTGTTGCGCCTCGCCGCACCGTCGATTGCTGCCGACCTCGCCTCGCCTCGCCATCGATTGCTGCCGACCTTCCTCCTCATCGCTCGACT...
XM_057946209.1
ACTCCCTTCGCGTCGTCCATCCTGAACGCCCCACCCACCGCCGTCGCCGTCGATTGTTGTGCCTCGCCTCGGTGTCGCCGTCACCGTCGATTGCTGCGCCTCGCCTCGCCGTCGCCGTCGATTGCTCGCCTCGCCTCGCCATCTCCGTCGATTGCTGTGCTTTGTCGTCGATTGTTGCGCCTCGCCGCACCGTCGATTGCTGCCGACCTCGCCTCGCCTCGCCATCGATTGCTGCCGACCTTCCTCCTCATCGCTCGACT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131017447
ATGCTTGCTTTATGCCGTTTAATGATAATTGATGCTGAATTCTGTGAGTCAAATCTTCAACTGCTTTTCACTGTTGTGGAGAACGCACCATCAGAAGTTGTCCGTTCAAATTGCACCATAGCACTTGGTGATCTAGCAGTTCGCTTTCCCAACCTATTAGAGCCATGGACAGAAAATATGTATGCACGCCTTCGTGATCTATCGGTCTCTGTTAGAAAGAATGCTGTGCTGGTTCTTTCTCACCTTATATTAAATGACAT...
LOC131017447
ATGCTTGCTTTATGCCGTTTAATGATAATTGATGCTGAATTCTGTGAGTCAAATCTTCAACTGCTTTTCACTGTTGTGGAGAACGCACCATCAGAAGTTGTCCGTTCAAATTGCACCATAGCACTTGGTGATCTAGCAGTTCGCTTTCCCAACCTATTAGAGCCATGGACAGAAAATATGTATGCACGCCTTCGTGATCTATCGGTCTCTGTTAGAAAGAATGCTGTGCTGGTTCTTTCTCACCTTATATTAAATGACAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057802191.1
MLALCRLMIIDAEFCESNLQLLFTVVENAPSEVVRSNCTIALGDLAVRFPNLLEPWTENMYARLRDLSVSVRKNAVLVLSHLILNDMMKVKGYICEMAMRLEDEDDRVANLAKLFFHELSKKGNNPVYNLLPDILGKLSSQNLNGESFCNIMQFLIGSIKKDKQMEALVEKLCNRFTGIADVRQWECISYCLSQLAFTEKSMKKLMESFKTYEHVLSEDIVTEHFRNIINKGKKFAKPELKAIIEEFEEKMDQAAY
XP_057802192.1
MLALCRLMIIDAEFCESNLQLLFTVVENAPSEVVRSNCTIALGDLAVRFPNLLEPWTENMYARLRDLSVSVRKNAVLVLSHLILNDMMKVKGYICEMAMRLEDEDDRVANLAKLFFHELSKKGNNPVYNLLPDILGKLSSQNLNGESFCNIMQFLIGSIKKDKQMEALVEKLCNRFTGIADVRQWECISYCLSQLAFTEKSMKKLMESFKTYEHVLSEDIVTEHFRNIINKGKKFAKPELKAIIEEFEEKMDQAAY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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