当前解析结果
SmilChr03G000865| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000865 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000865 |
| 描述 | probable serine/threonine-protein kinase PBL25 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 9849612 - 9855030 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131017458 |
|---|---|
| GeneID | 131017458 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017458 |
| 原始查询 | SmilChr03G000865 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable serine/threonine-protein kinase PBL25 |
| 产物 | probable serine/threonine-protein kinase PBL25 |
| Arabidopsis | AT3G02810 (AT3G02810)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821236] identity=55; qcov=0.992; evalue=2.31e-142; confidence=high |
| Rice | Os07g0668900 (OsRLCK240)- identity=55.8; qcov=0.963; evalue=3.41e-135; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017458 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057802196.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057802196.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802196.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802196.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057802196.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:9851062 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C80 |
Chr3:9851119 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr3:9851140 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C14,D11 |
Chr3:9851201 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr3:9852712 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B38,B39,C14 |
Chr3:9852765 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C27 |
Chr3:9852805 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C25 |
Chr3:9853565 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A6 |
Chr3:9853630 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A22,C27 |
Chr3:9853645 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B113,B131,B21,D1 |
Chr3:9853647 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr3:9853773 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A22,C27 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802196.1PF00069
Pkinase 75-344 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 76-284 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802196.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 75 | 344 | 3.7e-44 | 151.8 | Protein kinase domain |
XP_057802196.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 76 | 284 | 2e-39 | 136.2 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。