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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000875

染色体: Chr03 坐标: 9939969-9943944 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000875
名称SmilChr03G000875
描述uncharacterized SmilChr03G000875
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向9939969 - 9943944 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017466
GeneID131017466
locus_tag-
NCBI NameLOC131017466
原始查询SmilChr03G000875

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述chitinase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837375]; symbol=AT1G08530; hit=AT1G08530; species=arabidopsis; confidence=high
产物chitinase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837375]; symbol=AT1G08530; hit=AT1G08530; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G08530 (AT1G08530)
chitinase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837375]
identity=69.4; qcov=0.662; evalue=3.81e-81; confidence=high
RiceOs12g0430900
-
identity=73; qcov=0.327; evalue=5.7e-35; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017466

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057802203.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057802203.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057802203.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.40000 XP_057802203.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802203.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:9940332 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B21
Chr3:9940388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,C49
Chr3:9940444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C29,C74
Chr3:9940469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B26,B46,B6,B69,C50
Chr3:9940487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B64,C60,D10
Chr3:9940494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B33,B74,C14
Chr3:9940522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B11,B64,C60
Chr3:9942347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr3:9943156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:9943362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr3:9943489 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B25,C41,C81,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946220.1
GATTTTTTGTGAATAGAGAAAATCTAAAACGGGTTGTGAAAATTGAGAAGACAAGAGCCCAAAACAAGAGGGAAAAAAAGAGACAACTTTTCCCGCAACAAAGCATTGTACCCTCCGCTACAAAATTAGTTCTTTTTCCAGCTCATTCCACTATTCCGTCTGTGTTTCCAAAGCCACCTGCCCGCCGCCCGCCGCCCACCGCCGGCCATGAGACTCTCCGGTGGCTCATTCACTGCCGCTGCTCCTCAAATTCTTCTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017466
ATGAGACTCTCCGGTGGCTCATTCACTGCCGCTGCTCCTCAAATTCTTCTTCCAAAGGCGTCTGCATTTTCGATTTCGGACGGCGTTTTCAGCCTCACGGCGAGGCTTAAACCGCCGAGGCGGCGGCGGTTCTGTCTCAGAGTCTCGTGCACATCGGAAAAATCGGGTGCCAATGCGGCGTCGTCACAATATGCTTCTCAATTCGGAGATTTGGCGCCGGAGGCGCAGCGCGGAATTGAATCGTTGAGTTTTGAAGTGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802203.1
MRLSGGSFTAAAPQILLPKASAFSISDGVFSLTARLKPPRRRRFCLRVSCTSEKSGANAASSQYASQFGDLAPEAQRGIESLSFEVRSPSSPPSLIPRPTLSLSDQAFLLLAFIGCTTSVAFSCLVAAAVPTLFAMRRAAISLSKLADTAREELPSTMAAVRLSGMEISDLTLELSDLSQEIADGVNKSAQAVQAAEAGVRQIGSLARQQTMAMIQERASLPIISLQPMVAGAAKKTSRAVGQAAKTFLNIISPGEHNSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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