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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000886

染色体: Chr03 坐标: 10111702-10113989 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000886
名称SmilChr03G000886
描述putative disease resistance protein At1g50180
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向10111702 - 10113989 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017480
GeneID131017480
locus_tag-
NCBI NameLOC131017480
原始查询SmilChr03G000886

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative disease resistance protein At1g50180
产物putative disease resistance protein At1g50180
ArabidopsisAT5G43470 (RPP8)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834367]
identity=32.4; qcov=0.997; evalue=3.06e-40; confidence=low
RiceOs11g0633500
-
identity=31.5; qcov=0.9; evalue=2.18e-27; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF18052 (Rx_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017480

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802210.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802210.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802210.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802210.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802210.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:10112016 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,A24,B139,B60,C52
Chr3:10112018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr3:10112025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,B98
Chr3:10112033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr3:10112049 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 3 A22,B117,C15
Chr3:10112049 AG A 1bp_deletion CDS_variant 3 A22,B117,C15
Chr3:10112080 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 A22,C35
Chr3:10112080 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 A22,C35
Chr3:10112083 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 2 A22,C35
Chr3:10112083 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 2 A22,C35
Chr3:10112967 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B82,B9,C26
Chr3:10112967 TC T 1bp_deletion CDS_variant 3 B82,B9,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802210.1
331 aa
N
1
166
331
Rx_N
NB-ARC
C
PF18052 Rx_N 6-94 aa PF00931 NB-ARC 168-310 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802210.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 6 94 2.1e-24 86.2 Rx N-terminal domain
XP_057802210.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 168 310 8.7e-25 88.0 NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946227.1
TGTGCCTTATCCACGAACCAAATAATATTTAATATTGTTTGGGTAATAATTGTGGTGGTTATGGCACTATCCTTCCCAAAATGATTTATTACTTAAGCCAAATACCTAAATTAATTAGATCAAACAAAATTTAACAATTTTATGATCGATCGACATGGCAGCGGAAGCAGCAATCTCATCTGCAGTCGAACTGCTCGGCGATCTGCTCATCCAGAAGGTTAAATCCCTGCGAGGTGTCGAGGGAAAGGTGGAGGCGCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017480
ATGGCAGCGGAAGCAGCAATCTCATCTGCAGTCGAACTGCTCGGCGATCTGCTCATCCAGAAGGTTAAATCCCTGCGAGGTGTCGAGGGAAAGGTGGAGGCGCTGAAAATCGAGCTCAAGAGGATGCAATGCTTTCTCAAAGACGCCAACAAAAAGCAATTTGAAGATGAGAGCGTGTGTAATTGGATCTCGGAGATTAGAGAGTTGGCTCAAGATGCCCAAGATACGATCGAGATGTTCCTTCTCAACGTTGAGAGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802210.1
MAAEAAISSAVELLGDLLIQKVKSLRGVEGKVEALKIELKRMQCFLKDANKKQFEDESVCNWISEIRELAQDAQDTIEMFLLNVESAKNWGLFKRCTSSPKRMYHLDKIGDEIESIRATLDAIDKSRERYGIKDLGEAAESASRWEVELRRRLCPWQKDEHLVGVEDDVKKLLQESILCEEKKGLSIAVLEGMGGIGKSTVAREIYNHPDVVAGPFDCRGWVVVSSEFTPHETIKQLIFDLPGSEKQKLRELEESMKDKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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