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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000891

染色体: Chr03 坐标: 10171108-10172298 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000891
名称SmilChr03G000891
描述glycine-rich RNA-binding protein 2-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向10171108 - 10172298 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017486
GeneID131017486
locus_tag-
NCBI NameLOC131017486
原始查询SmilChr03G000891

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich RNA-binding protein 2-like
产物glycine-rich RNA-binding protein 2-like
ArabidopsisAT4G39260 (CCR1)
cold, circadian rhythm, and RNA binding 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830082]
identity=75.8; qcov=0.287; evalue=2.1e-07; confidence=weak
RiceOs12g0632000 (GRP162)
-
identity=84; qcov=0.217; evalue=2.89e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017486

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802216.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057802216.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057802216.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802216.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802216.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:10171442 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:10171476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B104,C19,C71
Chr3:10171478 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,C6
Chr3:10171486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B60,B61,C58,C74,C87
Chr3:10171493 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C28
Chr3:10171538 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 9 B21,B86,B97,B98,C31,C38,C56,C74,D11
Chr3:10171584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B134,B64,C74
Chr3:10171588 GC * 1bp_deletion CDS_variant 1 C19
Chr3:10171607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B89,C78
Chr3:10171644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,C36,C78
Chr3:10171649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,C36,C78
Chr3:10171662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,C36,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946233.1
TCTATTTATAGCCCCCATTTTACTCCCTACAGCCTCCTTGTTAAAATATTAATAATAATTAATTAGAGATTTACTATTTTAACCTACGTTGTATAGCCCCTAAAAATTATATTATTAAAATTTAAATTAATTCATCAATTCAATTTATTTTTTACTACTCGCATTTATCACCACCGATCATCCCCACCATTCATAGCCCCCAATCATATGGAGTATTACTCCCATTTACTACCACCGATCATCACCACCATTCACAATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017486
ATGAGGGATGCGATCGAGGGGATGATCGAACAGGAATTGGACGGCCGTAAAATCACCGTCAACGAGGCTCAGTCCGGCGGTGGAGGCGGCGGAGGTTTCCTTGGCCCACGCCGCGAGGGTGGAGGAGGCGGTGGTGGTTACGGGCGCCGTGAGGGTGGCGGTGGCGGTGGCTATGGAGGCGGCGGTGGTGGTGGTTACGGGCGCCGCGAGAGTGGCGGTGGCTATGGAGGCGGCGGTGGTGAGGGATATGGCCATCATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802216.1
MRDAIEGMIEQELDGRKITVNEAQSGGGGGGGFLGPRREGGGGGGGYGRREGGGGGGYGGGGGGGYGRRESGGGYGGGGGEGYGHHEGGYGGSRGGGYGGDRGYGGGASKGDWRN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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