Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000903`

染色体: Chr03 坐标: 10330234-10331421 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000903`
名称	SmilChr03G000903
描述	disease resistance protein RPH8A-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	10330234 - 10331421 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018295`
GeneID	`131018295`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018295`
原始查询	`SmilChr03G000903`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	disease resistance protein RPH8A-like
产物	disease resistance protein RPH8A-like
Arabidopsis	`AT5G35450` (AT5G35450) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508] identity=29.3; qcov=0.977; evalue=1.01e-32; confidence=low
Rice	`Os08g0424700` (P0456B03.103) - identity=26.8; qcov=1; evalue=1.56e-24; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018295

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057803004.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057803004.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057803004.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057803004.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803004.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:10330283`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr3:10330291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,A9,B107,B65,D3
`Chr3:10330363`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,D11
`Chr3:10330365`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C44
`Chr3:10330365`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C44
`Chr3:10330390`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B81,C5
`Chr3:10330402`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B81,C5
`Chr3:10330441`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	B103,B81,B90,B92,C2,C32,C49,C55,C57,C68,D8
`Chr3:10330486`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,D11
`Chr3:10330516`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,C22
`Chr3:10330653`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C71
`Chr3:10330743`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	105	A10,A11,A18,A23,A24,A8,A9,B1,B100,B104,B107,B112,B113,B114,B119,B12,B120,B122,B124,B126,B129,B132,B133,B136,B137,B14,B140,B15,B2,B22,B23,B25,B28,B29,B3,B30,B32,B36,B38,B39,B44,B46,B47,B55,B56,B57,B58,B6,B61,B64,B66,B68,B7,B70,B71,B73,B74,B75,B76,B84,B88,B9,B91,B95,B96,B99,C1,C12,C14,C15,C16,C18,C21,C25,C27,C28,C34,C39,C4,C41,C43,C46,C47,C51,C52,C53,C54,C56,C59,C61,C62,C64,C66,C7,C71,C8,C80,C81,C84,C85,C86,D10,D2,D5,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803004.1

395 aa

198

395

LRR_14

PF23598 LRR_14 97-374 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803004.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	97	374	9.6e-27	94.4	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947021.1
ATGCTTCAAGTTGAGGATCTAACCATTGATAATCGGGTAGGGACTTGTCGCCTCCATGATCTTCTTCGCGAGGTATGTTTAAGAAAAGCAAAGGAGGAAATAGGCTTGGAGATTGTAAAGGGGGAGGAGGGTTTTTCATCACAATCCTCGTATAAACCTCGTCATCGTGTTGTTTATGGCAAAAATATTGAGAATCGCTCGACAAATCAGAATAAGCATCTTCGCTCTCTTTTCCTACTTAATCTCAATGGTGATGGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018295
ATGCTTCAAGTTGAGGATCTAACCATTGATAATCGGGTAGGGACTTGTCGCCTCCATGATCTTCTTCGCGAGGTATGTTTAAGAAAAGCAAAGGAGGAAATAGGCTTGGAGATTGTAAAGGGGGAGGAGGGTTTTTCATCACAATCCTCGTATAAACCTCGTCATCGTGTTGTTTATGGCAAAAATATTGAGAATCGCTCGACAAATCAGAATAAGCATCTTCGCTCTCTTTTCCTACTTAATCTCAATGGTGATGGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803004.1
MLQVEDLTIDNRVGTCRLHDLLREVCLRKAKEEIGLEIVKGEEGFSSQSSYKPRHRVVYGKNIENRSTNQNKHLRSLFLLNLNGDGNVYMTTPSDYWKSFQLLKMLDLDGFAFQRLPDSFRLLIGLKYLRIHRQRYFLRYVLKLPSWLKDLKNLEVLDVENEVIVFPNVALEMEKLRHFHIYSVLGKPMSIENWKNIESVKGMRLKDWLECSSKLMASCRVRELGIHMNGMEGNKDLSMASASLEKMTNLVELHLKCNSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器