当前解析结果
SmilChr03G000917| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000917 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000917 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G000917 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 10482522 - 10483574 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018299 |
|---|---|
| GeneID | 131018299 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018299 |
| 原始查询 | SmilChr03G000917 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | P0456B03.103; symbol=P0456B03.103; hit=Os08g0424700; species=rice; confidence=low |
| 产物 | P0456B03.103; symbol=P0456B03.103; hit=Os08g0424700; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT3G07040 (RPM1)NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819889] identity=37.7; qcov=0.367; evalue=1.84e-07; confidence=low |
| Rice | Os08g0424700 (P0456B03.103)- identity=31.9; qcov=0.762; evalue=9.08e-13; confidence=low |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF23598 (LRR_14) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018299 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057803008.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057803008.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803008.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803008.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057803008.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:10482918 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr3:10482919 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B112 |
Chr3:10482963 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr3:10482972 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 13 | A19,A3,B11,B131,B32,B33,B46,B47,B71,B95,C22,C83,D8 |
Chr3:10482975 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 13 | A19,A3,B11,B131,B32,B33,B46,B47,B71,B95,C22,C83,D8 |
Chr3:10482977 |
ACT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 13 | A19,A3,B11,B131,B32,B33,B46,B47,B71,B95,C22,C83,D8 |
Chr3:10482981 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B44,B55,C72,D2 |
Chr3:10483014 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B129 |
Chr3:10483014 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr3:10483053 |
CG |
* |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | A1,B63 |
Chr3:10483068 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B113,B2,B74 |
Chr3:10483086 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A3,B126,B33 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803008.1PF23598
LRR_14 33-187 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803008.1 |
Pfam | PF23598 |
LRR_14 | Repeat | 33 | 187 | 1.4e-19 | 70.8 | Leucine-rich repeat region |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。