当前解析结果
SmilChr03G000922| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000922 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000922 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G000922 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 10533035 - 10533944 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131017615 |
|---|---|
| GeneID | 131017615 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017615 |
| 原始查询 | SmilChr03G000922 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02902 (Peptidase_C48) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017615 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057802415.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057802415.1 |
| 3 | Autophagic vesicle | Autophagic vesicle | 0.20000 | XP_057802415.1 |
| 4 | Autophagosome | Autophagosome | 0.20000 | XP_057802415.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802415.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:10533092 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,C38 |
Chr3:10533096 |
ATG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 18 | A13,B111,B122,B123,B129,B133,B18,B56,B73,B9,C1,C28,C40,C50,C54,C67,C85,D8 |
Chr3:10533102 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 8 | B13,B33,B39,B70,B78,C12,C71,C78 |
Chr3:10533251 |
C |
CAT |
2bp_insertion | stop_gained,frameshift_variant | 17 | B104,B50,B55,B69,B78,B85,B93,B94,C10,C2,C23,C46,C50,C51,C53,C81,C85 |
Chr3:10533261 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 8 | A9,B111,B31,B81,C41,C46,C47,C5 |
Chr3:10533265 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B115 |
Chr3:10533409 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr3:10533583 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802415.1PF02902
Peptidase_C48 7-109 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802415.1 |
Pfam | PF02902 |
Peptidase_C48 | Domain | 7 | 109 | 3.8e-06 | 27.6 | Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。