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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000937

染色体: Chr03 坐标: 10668304-10679602 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000937
名称SmilChr03G000937
描述disease resistance RPP8-like protein 3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向10668304 - 10679602 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017522
GeneID131017522
locus_tag-
NCBI NameLOC131017522
原始查询SmilChr03G000937

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述disease resistance RPP8-like protein 3
产物disease resistance RPP8-like protein 3
ArabidopsisAT5G35450 (AT5G35450)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508]
identity=29.8; qcov=0.902; evalue=1.28e-63; confidence=low
RiceOs01g0547000
-
identity=26.3; qcov=0.881; evalue=5.31e-57; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017522

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802278.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057802278.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802278.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802278.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802278.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:10677208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr3:10677215 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 114 A1,A14,A15,A16,A20,A25,A5,A7,A9,B10,B102,B105,B106,B107,B108,B109,B110,B111,B112,B115,B122,B128,B13,B130,B131,B134,B135,B137,B139,B16,B18,B19,B2,B20,B23,B26,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B50,B52,B56,B63,B65,B70,B71,B73,B74,B77,B78,B80,B83,B85,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B96,B97,C10,C13,C15,C17,C20,C22,C24,C26,C29,C30,C33,C35,C36,C37,C39,C4,C43,C44,C5,C50,C54,C60,C62,C7,C70,C71,C73,C74,C75,C76,C77,C79,C81,C82,C85,C9,D1,D11,D2,D3,D6,D9
Chr3:10677216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr3:10677219 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 114 A1,A14,A15,A16,A20,A25,A5,A7,A9,B10,B102,B105,B106,B107,B108,B109,B110,B111,B112,B115,B122,B128,B13,B130,B131,B134,B135,B137,B139,B16,B18,B19,B2,B20,B23,B26,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B50,B52,B56,B63,B65,B70,B71,B73,B74,B77,B78,B80,B83,B85,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B96,B97,C10,C13,C15,C17,C20,C22,C24,C26,C29,C30,C33,C35,C36,C37,C39,C4,C43,C44,C5,C50,C54,C60,C62,C7,C70,C71,C73,C74,C75,C76,C77,C79,C81,C82,C85,C9,D1,D11,D2,D3,D6,D9
Chr3:10677273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr3:10677452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr3:10677475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B44
Chr3:10677485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C43
Chr3:10677507 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr3:10677509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C2
Chr3:10677536 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 34 A25,B10,B109,B120,B128,B134,B135,B137,B138,B16,B40,B41,B44,B53,B69,B70,B77,B9,B91,C15,C22,C26,C30,C38,C47,C50,C57,C60,C70,C73,C77,C79,D2,D9
Chr3:10677543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802278.1
833 aa
N
1
416
833
NB-ARC
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 122-298 aa PF23598 LRR_14 513-811 aa
XP_057802279.1
833 aa
N
1
416
833
NB-ARC
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 122-298 aa PF23598 LRR_14 513-811 aa
XP_057802280.1
833 aa
N
1
416
833
NB-ARC
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 122-298 aa PF23598 LRR_14 513-811 aa
XP_057802281.1
833 aa
N
1
416
833
NB-ARC
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 122-298 aa PF23598 LRR_14 513-811 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802278.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 122 298 6.4e-28 98.2 NB-ARC domain
XP_057802278.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 513 811 1.4e-31 110.3 Leucine-rich repeat region
XP_057802279.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 122 298 6.4e-28 98.2 NB-ARC domain
XP_057802279.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 513 811 1.4e-31 110.3 Leucine-rich repeat region
XP_057802280.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 122 298 6.4e-28 98.2 NB-ARC domain
XP_057802280.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 513 811 1.4e-31 110.3 Leucine-rich repeat region
XP_057802281.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 122 298 6.4e-28 98.2 NB-ARC domain
XP_057802281.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 513 811 1.4e-31 110.3 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946296.1
GGAATCCTATATATGACAAAACGAAAGAAAATGTTAAGGAAAAGGGAGGATCGGTTCGGTACATATGTAGATCAAGACGAGTAAGAAGAAGAATCACAATAAGTAAACACCGTCGGATTCCGTCGCGCCGCCCCCAGCTTTTGCTCGCAACCGCTCCTTCGCTGCTGCTCGGTGCCCCATACCTTCTTCCGTTACCGGCAGCCCAGGGTAGTTTGGTGGAAGCAGAAACATGTCAGAGGCCCTCCTCGTATTAATGATAC...
XM_057946297.1
GGAATCCTATATATGACAAAACGAAAGAAAATGTTAAGGAAAAGGGAGGATCGGTTCGGTACATATGTAGATCAAGACGAGTAAGAAGAAGAATCACAATAAGTAAACACCGTCGGATTCCGTCGCGCCGCCCCCAGCTTTTGCTCGCAACCGCTCCTTCGCTGCTGCTCGGTGCCCCATACCTTCTTCCGTTACCGGCAGCCCAGTTTGGTGGAAGCAGAAACATGTCAGAGGCCCTCCTCGTATTAATGATACACAAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131017522
ATGTCGGAGGCGCTCCTCGTATCGGTGATACAGAAGCTGGACATGAATTATCAAGAGTTCGAAAGAAATGAGGGAATGGAAATGGTAATTAAAGAGATGAAAGAGATTTTGGATATTGTGAGGGATAAGAGATTGGAAGAGGGAAGAACCCTAAATTTTTTGGTATATGACCTCGTCGAAATGGCTGACTGTGCCCTCCACCGTCGCGAAAAAGGCTATACCTATCTTTGGAAGTATGAGTCCATCTATAGTTGGATCGG...
LOC131017522
ATGTCGGAGGCGCTCCTCGTATCGGTGATACAGAAGCTGGACATGAATTATCAAGAGTTCGAAAGAAATGAGGGAATGGAAATGGTAATTAAAGAGATGAAAGAGATTTTGGATATTGTGAGGGATAAGAGATTGGAAGAGGGAAGAACCCTAAATTTTTTGGTATATGACCTCGTCGAAATGGCTGACTGTGCCCTCCACCGTCGCGAAAAAGGCTATACCTATCTTTGGAAGTATGAGTCCATCTATAGTTGGATCGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057802278.1
MSEALLVSVIQKLDMNYQEFERNEGMEMVIKEMKEILDIVRDKRLEEGRTLNFLVYDLVEMADCALHRREKGYTYLWKYESIYSWIGEIKKHILKLGDEMESNIRSSENIEDDVDVVGLEKDVEMLLRKIIIGGKGYFSWIVVIKGMCGIGKTTLARQIYNHPTVIQLFDTRAWVSNSTSTYFSTMKELLIKVIQQLQDPENLHTSSLLENMDNRSLRDMLSQHLRGKRYLIVLDDVPKQMRFKSFLEVLRQDNGSRLLL...
XP_057802279.1
MSEALLVSVIQKLDMNYQEFERNEGMEMVIKEMKEILDIVRDKRLEEGRTLNFLVYDLVEMADCALHRREKGYTYLWKYESIYSWIGEIKKHILKLGDEMESNIRSSENIEDDVDVVGLEKDVEMLLRKIIIGGKGYFSWIVVIKGMCGIGKTTLARQIYNHPTVIQLFDTRAWVSNSTSTYFSTMKELLIKVIQQLQDPENLHTSSLLENMDNRSLRDMLSQHLRGKRYLIVLDDVPKQMRFKSFLEVLRQDNGSRLLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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