Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000982`

染色体: Chr03 坐标: 11111736-11114161 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000982`
名称	SmilChr03G000982
描述	uncharacterized SmilChr03G000982
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	11111736 - 11114161 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018319`
GeneID	`131018319`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018319`
原始查询	`SmilChr03G000982`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018319

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057803026.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057803026.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803026.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803026.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803026.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:11112160`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B121,B127
`Chr3:11113619`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B138,B77,C79
`Chr3:11113688`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	A19,B121,B127
`Chr3:11113688`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	A19,B121,B127
`Chr3:11113718`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	11	A21,B102,B123,B57,B7,B88,B89,C16,C3,C34,D4
`Chr3:11113722`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	A21,B102,B123,B57,B7,B88,B89,C16,C3,C34,D4
`Chr3:11113739`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	A8,A9,B107,B113,B122,B135,B68,B76,C1,C25,C43,C72,D2,D5
`Chr3:11113799`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr3:11113861`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,B26
`Chr3:11113884`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947043.1
TTATGTCAGAAATAGTAAGTCAACACCTTGTTTCTTGAGAAAAGCAGGAAGCGTGTGGGTATAATGAATTTGTAACAATAGAAAGATTTCAACTGCAACAGAAGACTTTTGGATTCCTATATGAAAAATTGAAAGCAAAAGCCAAGGAAAGGGGAGGATTGATTCAGCAAGTAGATCAAGACTAGTAAGAAGAAAGAATCACAAAAAGATATGAAACTCTACTGTAGTCAAAATCATACTCAGCTGGCCAGATGAGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018319
ATGAAGAAAATTCGCAAAAAGCTACGAATGCTGTTAGGGCAGCAGTTTGGTCCAAGCAGAAACACGTCGGAAGCCCTCCTCTCATCGTTGATACAGAAGCTGGACATTACTTATCGAGAGGGCAGGAAAATGTACTATATAAATAAGGATATGTTAAGGGTAATTAAAGAGATGAGAGAGATTGTGAATATAGTGAGGGATAAGAAATTGGAAGAGGGGAGAACCCTAAATTTTTTAGTATGCGACCTTGTCGATGTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803026.1
MKKIRKKLRMLLGQQFGPSRNTSEALLSSLIQKLDITYREGRKMYYINKDMLRVIKEMREIVNIVRDKKLEEGRTLNFLVCDLVDVAEHALDIFKKGETFSLYYASIHSWIGEIKKRMLKLGDDGVEMESNMRSLKKDDDDEEDDNYVVGLDEDVEMLLRRSIIDGKGYAKTVLIKGMCGGGARCYMGNV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器