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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000986

染色体: Chr03 坐标: 11172685-11177576 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000986
名称SmilChr03G000986
描述GDSL esterase/lipase At5g33370-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向11172685 - 11177576 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017576
GeneID131017576
locus_tag-
NCBI NameLOC131017576
原始查询SmilChr03G000986

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At5g33370-like
产物GDSL esterase/lipase At5g33370-like
ArabidopsisAT5G33370 (AT5G33370)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833315]
identity=74.2; qcov=0.959; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0507700 (OsGELP56)
-
identity=71.9; qcov=0.913; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017576

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057802362.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802362.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802362.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802362.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802362.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:11172804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,C33,C44,C63,D3
Chr3:11172966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B31,B48,C25
Chr3:11172975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C26,C30,C35,C5
Chr3:11173011 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr3:11175561 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B21
Chr3:11175561 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B21
Chr3:11175908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr3:11175926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr3:11177123 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B20,B42,B43
Chr3:11177135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B23,C39
Chr3:11177138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:11177159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B31,B48,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802362.1
367 aa
N
1
184
367
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 33-343 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802362.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 33 343 1.9e-31 110.5 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946379.1
TCCACCATTTTCAACCCACAAAAATCGAGTTGGATTTAATTTCCAATAAATTACTCAAAAAATAGTCAAAATCAAGCATCATCAACTTTTTTTTTCTCCTCTTTGATTCTTATTGAAATGGCTAGGTTGATGAAGAATCCAAGAATTTGTGCTATTTTCTTTCTCATTTTGGTATTGGGGGATTTGAGCTCCAATGCAGAAGCTAAGGCATTCTTTGTGTTTGGAGACTCATTGGTGGATAATGGCAACAACAACTACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017576
ATGGCTAGGTTGATGAAGAATCCAAGAATTTGTGCTATTTTCTTTCTCATTTTGGTATTGGGGGATTTGAGCTCCAATGCAGAAGCTAAGGCATTCTTTGTGTTTGGAGACTCATTGGTGGATAATGGCAACAACAACTACTTGGCCACCACTGCGAGGGCGGACTCGCCGCCCTACGGCATCGACTACCCGTCGCACCGCCCCACCGGCCGCTTCTCCAACGGCCTCAACATTCCCGATATCATCAGTGAAACAAATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802362.1
MARLMKNPRICAIFFLILVLGDLSSNAEAKAFFVFGDSLVDNGNNNYLATTARADSPPYGIDYPSHRPTGRFSNGLNIPDIISETNGWEATLPYLSPELTGQKLLVGANFASAGVGVLNDTGIQFVNIIRIYQQLNYFKQYQQRLSQIIGQQETKRLVKESLVLITLGGNDFVNNYYLVPFSIRSQQYSLEDYVPYVISEYKKVLQRLYELGPRRVLVTGTGPLGCVPAELAQHSRNGECAGELMRAASLFNPQLVQMIN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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