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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001002

染色体: Chr03 坐标: 11338375-11341397 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001002
名称SmilChr03G001002
描述myb family transcription factor PHL8-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向11338375 - 11341397 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017610
GeneID131017610
locus_tag-
NCBI NameLOC131017610
原始查询SmilChr03G001002

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述myb family transcription factor PHL8-like
产物myb family transcription factor PHL8-like
ArabidopsisAT3G04030 (MYR2)
Homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819558]
identity=71.7; qcov=0.489; evalue=2.9e-16; confidence=low
RiceOs03g0325500
-
identity=71.7; qcov=0.489; evalue=2.36e-16; confidence=low
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity)
KEGG-
PfamPF14379 (Myb_CC_LHEQLE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017610

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802407.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057802407.1
3 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057802407.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802407.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802407.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:11339065 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B21,B55,C28,C74
Chr3:11339757 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr3:11339779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr3:11339781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B53,B80,C46,C58
Chr3:11339799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr3:11339944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:11340003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B49,D10
Chr3:11340029 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B117,B70
Chr3:11340029 CG C 1bp_deletion CDS_variant 2 B117,B70
Chr3:11340059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,B99
Chr3:11340072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B30,B59,C4
Chr3:11340084 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802407.1
141 aa
N
1
70
141
Myb_CC_LHEQLE
C
PF14379 Myb_CC_LHEQLE 56-100 aa
XP_057802408.1
141 aa
N
1
70
141
Myb_CC_LHEQLE
C
PF14379 Myb_CC_LHEQLE 56-100 aa
XP_057802409.1
123 aa
N
1
62
123
Myb_CC_LHEQLE
C
PF14379 Myb_CC_LHEQLE 56-100 aa
XP_057802410.1
94 aa
N
1
47
94
Myb_CC_LHEQLE
C
PF14379 Myb_CC_LHEQLE 5-50 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802407.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 56 100 9.4e-22 77.2 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057802408.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 56 100 9.4e-22 77.2 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057802409.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 56 100 7.2e-22 77.6 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057802410.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 5 50 3.6e-22 78.6 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

12 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099674.1
AACTTAAATGCGCGCCTCACAAATTGAGCGCTCATCCCATGCGCGCGGATCTTGGCGCGATCCGACCCGGACCCGGATCCATCATATAAAAAAAATCCTAAAAACCTACCATTTTCTTCTCCCATCTTCTCTCTCCTTCTTTTCCTCAGGCTCCAGCCACCAATGTCGCTCCTAGCTCCGGTCGTGGGTCGCCGCGCGCCACTCTACCCTCCAGCTTTGGAGCCGCGCCCCCTCCAGCTGTCGCCGCCGCACCGCATCAA...
XR_009099673.1
AACTTAAATGCGCGCCTCACAAATTGAGCGCTCATCCCATGCGCGCGGATCTTGGCGCGATCCGACCCGGACCCGGATCCATCATATAAAAAAAATCCTAAAAACCTACCATTTTCTTCTCCCATCTTCTCTCTCCTTCTTTTCCTCAGGCTCCAGCCACCAATGTCGCTCCTAGCTCCGGTCGTGGGTCGCCGCGCGCCACTCTACCCTCCAGCTTTGGAGCCGCGCCCCCTCCAGCTGTCGCCGCCGCACCGCATCAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131017610
ATGTTGAACCTCTGTTCATGGGGAATTGCTAGTTCATGGAGCTGGTGGCGGGCTGGACCTTCTGGGCGAAGGGCCGGTGGAGATAGGGCTGCGGCTGGGCGGCGTCCAAGGCGCTGGATCTCGAGCCGAAGAAATCGAGCCTGCTCCTCGGGAAAGATGTGCAGATTTGCGGAAGCTCTGAGAATGCAGATGGAGGTGCAGAGGAAGCTGGAGCAGAAAATGGAGGTGCAGAGACATTTGCAGATGAGAATCGAAGCTCA...
LOC131017610
ATGTTGAACCTCTGTTCATGGGGAATTGCTAGTTCATGGAGCTGGTGGCGGGCTGGACCTTCTGGGCGAAGGGCCGGTGGAGATAGGGCTGCGGCTGGGCGGCGTCCAAGGCGCTGGATCTCGAGCCGAAGAAATCGAGCCTGCTCCTCGGGAAAGATGTGCAGATTTGCGGAAGCTCTGAGAATGCAGATGGAGGTGCAGAGGAAGCTGGAGCAGAAAATGGAGGTGCAGAGACATTTGCAGATGAGAATCGAAGCTCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057802407.1
MLNLCSWGIASSWSWWRAGPSGRRAGGDRAAAGRRPRRWISSRRNRACSSGKMCRFAEALRMQMEVQRKLEQKMEVQRHLQMRIEAQGRYLQSVLNKAKETQHHLLHSASDHSSLSKAKQKGTLMNTSRLCVLCNNRKQQG
XP_057802408.1
MLNLCSWGIASSWSWWRAGPSGRRAGGDRAAAGRRPRRWISSRRNRACSSGKMCRFAEALRMQMEVQRKLEQKMEVQRHLQMRIEAQGRYLQSVLNKAKETQHHLLHSASDHSSLSKAKQKGTLMNTSRLCVLCNNRKQQG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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