当前解析结果
SmilChr03G001021| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001021 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001021 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G001021 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 11814058 - 11815173 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018327 |
|---|---|
| GeneID | 131018327 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018327 |
| 原始查询 | SmilChr03G001021 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03004 (Transposase_24) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018327 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057803034.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057803034.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057803034.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803034.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803034.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:11814065 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B91,C19 |
Chr3:11814078 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B133 |
Chr3:11814078 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B133 |
Chr3:11814085 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr3:11814086 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B45,B8,C43 |
Chr3:11814093 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B45,B8,C43 |
Chr3:11814093 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B45,B8,C43 |
Chr3:11814100 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr3:11814158 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C84 |
Chr3:11814181 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C47 |
Chr3:11814245 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr3:11814251 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803034.1PF03004
Transposase_24 39-120 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803034.1 |
Pfam | PF03004 |
Transposase_24 | Family | 39 | 120 | 1.7e-08 | 35.4 | Plant transposase (Ptta/En/Spm family) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。