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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001022

染色体: Chr03 坐标: 11852510-11854008 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001022
名称SmilChr03G001022
描述uncharacterized SmilChr03G001022
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向11852510 - 11854008 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018328
GeneID131018328
locus_tag-
NCBI NameLOC131018328
原始查询SmilChr03G001022

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF07468 (Agglutinin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018328

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057803035.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803035.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803035.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803035.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803035.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:11852520 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr3:11852533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr3:11852593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr3:11852605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr3:11852610 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B53
Chr3:11852610 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B53
Chr3:11852613 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B53
Chr3:11852613 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 B53
Chr3:11852621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,B93
Chr3:11852660 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,B93
Chr3:11852669 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,B93
Chr3:11852690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B93,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803035.1
456 aa
N
1
228
456
Agglutinin
C
PF07468 Agglutinin 154-268 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803035.1 Pfam PF07468 Agglutinin Domain 154 268 1.1e-13 52.3 Agglutinin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947052.1
ATGGCAACTACCGCGCTTCCGATGTTCATGGTGATCAATGTACCACAAGCTGCTACAAACACTTATCTATACCGCAAGGACGACGGCTCCGTAGCCGACGGCAGCGACAGCGTGTTTAGCCCGCTCGTCAAGATCGGAGTCCAGCAAGCTGCAATCAACGCCAAATACGTCCACCTACTACTCTGTTACAACAACAGATACTGGCGGAAGAGCACCGACGATGACACCATCGTCGCCGTATCCACCAAGCCCGAAGAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018328
ATGGCAACTACCGCGCTTCCGATGTTCATGGTGATCAATGTACCACAAGCTGCTACAAACACTTATCTATACCGCAAGGACGACGGCTCCGTAGCCGACGGCAGCGACAGCGTGTTTAGCCCGCTCGTCAAGATCGGAGTCCAGCAAGCTGCAATCAACGCCAAATACGTCCACCTACTACTCTGTTACAACAACAGATACTGGCGGAAGAGCACCGACGATGACACCATCGTCGCCGTATCCACCAAGCCCGAAGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803035.1
MATTALPMFMVINVPQAATNTYLYRKDDGSVADGSDSVFSPLVKIGVQQAAINAKYVHLLLCYNNRYWRKSTDDDTIVAVSTKPEEDTRKPSCTLFEPTLQGNTLYFTHVPTGGRVMMNDATKGFYVNPSSVGTPLGFMDWNTLVKLPEHLAFKNNGKFLKALFADNQYYLWLASDDPNEKASGHVVSLVPNGHVRINSDYWGMFWRRSPIWIVADSTDVTANNRDTLFWPVKINDTTIAFRSAGNNNFCHRLTQDKRVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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