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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001036

染色体: Chr03 坐标: 12055420-12056354 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001036
名称SmilChr03G001036
描述uncharacterized SmilChr03G001036
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向12055420 - 12056354 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018331
GeneID131018331
locus_tag-
NCBI NameLOC131018331
原始查询SmilChr03G001036

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=31.4; qcov=0.461; evalue=1.84e-21; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF14111 (DUF4283)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018331

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057803039.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057803039.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057803039.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057803039.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803039.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:12055497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B17,B29,C28,C52
Chr3:12055505 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B97,C73
Chr3:12055553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr3:12055575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C20
Chr3:12055660 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 16 B108,B125,B137,B38,B39,B42,B45,B61,B8,B83,C15,C31,C52,C58,C6,C72
Chr3:12055756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr3:12055771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,A23,B26,B61,B8
Chr3:12055803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,B35
Chr3:12055816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr3:12055834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr3:12055848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr3:12055902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803039.1
297 aa
N
1
148
297
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 125-210 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803039.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 125 210 3.4e-07 30.6 Domain of unknown function (DUF4283)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947056.1
ATGACTACTCACGGTGATGCTCCCCTTCGCCCCTCGGCTGGCGGTTTGAATCTCCCTACCCTCACTAGCAATTTCACTCCAGCCTTGAAGCCTAATCATGTAGGTCTTTTGAAGACTTCGACTAACCCTAGCCATGCGAACTCCAACAGAGACGATGGAAATTTGCTACGAAACCCTTCTCGGGGAAAAGAAGTGATCGATGGCTCTGTTCTTGACAAAGCGCCGACTGGAAGTTCATATGCGGATGTTGCTACCAACCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018331
ATGACTACTCACGGTGATGCTCCCCTTCGCCCCTCGGCTGGCGGTTTGAATCTCCCTACCCTCACTAGCAATTTCACTCCAGCCTTGAAGCCTAATCATGTAGGTCTTTTGAAGACTTCGACTAACCCTAGCCATGCGAACTCCAACAGAGACGATGGAAATTTGCTACGAAACCCTTCTCGGGGAAAAGAAGTGATCGATGGCTCTGTTCTTGACAAAGCGCCGACTGGAAGTTCATATGCGGATGTTGCTACCAACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803039.1
MTTHGDAPLRPSAGGLNLPTLTSNFTPALKPNHVGLLKTSTNPSHANSNRDDGNLLRNPSRGKEVIDGSVLDKAPTGSSYADVATNRVPKRPDLPAHHYHALRPTKEGDQFSLKIPKKLIRKEIAQFSHALTGRLLLKKGEKPKTAMMIKDELQKLWGINSSWKIIPLGKGYYTLLFDNAEDKLRAKAQVIWEVSGGHLRLREWVKNFDPFKEHSSLANVWVRIHYLPIEYWNVEVLTGVARYVGHPLRVDGTSAKRDFG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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