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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001039

染色体: Chr03 坐标: 12113637-12118189 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001039
名称SmilChr03G001039
描述protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向12113637 - 12118189 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017560
GeneID131017560
locus_tag-
NCBI NameLOC131017560
原始查询SmilChr03G001039

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1-like
产物protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1-like
ArabidopsisAT4G28610 (PHR1)
phosphate starvation response 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828979]
identity=49.3; qcov=0.844; evalue=1.18e-78; confidence=high
RiceOs03g0329900 (PHR1)
-
identity=49; qcov=0.833; evalue=1.46e-76; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF14379 (Myb_CC_LHEQLE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017560

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802339.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057802339.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802341.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802341.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802341.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:12114869 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 8 B31,B34,B36,B78,B86,B93,C11,C51
Chr3:12115028 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 35 A13,A24,A5,B1,B110,B111,B124,B134,B140,B23,B27,B31,B38,B39,B4,B41,B47,B50,B60,B73,B91,C21,C23,C45,C52,C56,C6,C64,C66,C74,C82,C85,D11,D6,D7
Chr3:12115044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B19,B51,C15,C52
Chr3:12115057 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr3:12115099 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B89,C16,C46,C7,C87
Chr3:12115200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C14
Chr3:12115278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C80
Chr3:12115279 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C82
Chr3:12115383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B61,B72,B86,C33,C69
Chr3:12115388 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 21 A13,A5,B124,B30,B31,B34,B39,B51,B60,B61,B72,B73,B78,B8,C11,C33,C52,C6,C65,C74,C85
Chr3:12115389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr3:12115883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802339.1
444 aa
N
1
222
444
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 223-274 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 308-352 aa
XP_057802340.1
444 aa
N
1
222
444
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 223-274 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 308-352 aa
XP_057802341.1
360 aa
N
1
180
360
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 139-190 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 224-268 aa
XP_057802343.1
360 aa
N
1
180
360
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 139-190 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 224-268 aa
XP_057802344.1
360 aa
N
1
180
360
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 139-190 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 224-268 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802339.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 223 274 7.8e-10 39.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057802339.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 308 352 5e-21 74.9 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057802340.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 223 274 7.8e-10 39.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057802340.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 308 352 5e-21 74.9 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057802341.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 139 190 5.5e-10 39.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057802341.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 224 268 3.7e-21 75.3 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057802343.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 139 190 5.5e-10 39.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057802343.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 224 268 3.7e-21 75.3 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057802344.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 139 190 5.5e-10 39.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057802344.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 224 268 3.7e-21 75.3 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946356.1
TAAAACCATATTTATTCTTCACACAATCATTAAAATCATGCATTTTGCTTCATTTGGAAAGTCAGCACTCGACAACAACATTCGCAAGTTCTTAACGTTGGATTATCGCTACAATCAATTAGTGATATTATCAATTCGTTCTCCTATTCATTGACGATTCCTTTACTTAGCCGCCGTAGTAGGATTCATTCTCTCACCTCTCAAAAATTCCCAAAAGGTTTCTTTGGATTCTCACCTGTTTATGGAGAAAGTTGAGCATG...
XM_057946358.1
AAAACCATATTTATTCTTCACACAATCATTAAAATCATGCATTTTGCTTCATTTGGAAAGTCAGCACTCGACAACAACATTCGCAAGTTCTTAACGTTGGATTATCGCTACAATCAATTAGTGATATTATCAATTCGTTCTCCTATTCATTGACGATTCCTTTACTTAGCCGCCGTAGTAGGATTCATTCTCTCACCTCTCAAAAATTCCCAAAAGGTTTCTTTGGATTCTCACCTGTTTATGGAGAAAGTTGAGCATGA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131017560
ATGACACCTTCATCGTTTAAGAAGACATATGGTGGAACACAGTCAGCTAACATGGAAGTCTCTGGAACTATGGTCAAATCTTTGCACATCCTTCCTTCTCCTCTAGAAGAAAAGTTTACTCTATTGCCAGATTCACCTCAAGTTTTTTCTTCTGATTCTAGATGCCCTACTAGAATCCATTATTCCCCCAATGGAAGCGGATCAATAAGTTCGACAATATATTCGTTGTCGCCAAAAGAGGGAGATTCTTTTATGGAAAA...
LOC131017560
ATGACACCTTCATCGTTTAAGAAGACATATGGTGGAACACAGTCAGCTAACATGGAAGTCTCTGGAACTATGGTCAAATCTTTGCACATCCTTCCTTCTCCTCTAGAAGAAAAGTTTACTCTATTGCCAGATTCACCTCAAGTTTTTTCTTCTGATTCTAGATGCCCTACTAGAATCCATTATTCCCCCAATGGAAGCGGATCAATAAGTTCGACAATATATTCGTTGTCGCCAAAAGAGGGAGATTCTTTTATGGAAAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057802339.1
MTPSSFKKTYGGTQSANMEVSGTMVKSLHILPSPLEEKFTLLPDSPQVFSSDSRCPTRIHYSPNGSGSISSTIYSLSPKEGDSFMENQHPYSVMQSSQLDGLAMKNHDVSWNEIENFLDTPLEVPDQDGQIETSMVAEDHAKKTNWQEWAEQLITVNDDTLNSNWSDLLIDGNLPDSEPKLLDLPHNASSHQPQIQRLQPYHVPSVNDCPALGSSTAPSSKARMRWTPELHEAFVDAVNKLGGSDRATPKGVLKIMNVEG...
XP_057802340.1
MTPSSFKKTYGGTQSANMEVSGTMVKSLHILPSPLEEKFTLLPDSPQVFSSDSRCPTRIHYSPNGSGSISSTIYSLSPKEGDSFMENQHPYSVMQSSQLDGLAMKNHDVSWNEIENFLDTPLEVPDQDGQIETSMVAEDHAKKTNWQEWAEQLITVNDDTLNSNWSDLLIDGNLPDSEPKLLDLPHNASSHQPQIQRLQPYHVPSVNDCPALGSSTAPSSKARMRWTPELHEAFVDAVNKLGGSDRATPKGVLKIMNVEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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