Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001078`

染色体: Chr03 坐标: 12475578-12477656 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001078`
名称	SmilChr03G001078
描述	GDSL esterase/lipase LIP-4-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	12475578 - 12477656 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017581`
GeneID	`131017581`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017581`
原始查询	`SmilChr03G001078`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	GDSL esterase/lipase LIP-4-like
产物	GDSL esterase/lipase LIP-4-like
Arabidopsis	`AT1G56670` (AT1G56670) GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842122] identity=42.5; qcov=1.07; evalue=7.49e-101; confidence=medium
Rice	`Os01g0329900` (OsGELP14) - identity=42; qcov=0.971; evalue=1.32e-88; confidence=medium
GO	GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG	-
Pfam	PF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017581

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057802368.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802368.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802368.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802368.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802368.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:12475640`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	9	B104,B128,B138,C30,C35,C38,C5,C7,C70
`Chr3:12475644`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B119,D11
`Chr3:12475693`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B119
`Chr3:12475693`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B119
`Chr3:12475701`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B113,B23,B83,C59
`Chr3:12475713`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B119,C51,D11
`Chr3:12475737`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr3:12475739`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B119,C51,D11
`Chr3:12475795`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:12475828`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B123,B89,C16,C3,D4
`Chr3:12475828`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B123,B89,C16,C3,D4
`Chr3:12475841`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C30,C39,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802368.1

346 aa

173

346

Lipase_GDSL

PF00657 Lipase_GDSL 35-329 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802368.1`	Pfam	`PF00657`	Lipase_GDSL	Family	35	329	1.3e-39	137.2	GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946385.1
TTTTGCATCTTCCAACCCTTTTCAGCTAAAAAAAACAAGAAAATGTATTACTCTAGCAAAATCTCCCTTGCTCTCGTGTGCTTCTTCTTCCTTGGCTTCGGCACTGCCACGGCGACGGCGGCCGCTTGCAGCAACGAACCACTAATATTCAACTTCGGAGACTCCAACAGCGACACCGGTGGCGCTTCTGTTCTTTCAGGGCGGGAGCTCGAGTTCCCGGAGGGGCGAACATTCTTTCACGAGCCAACCGGCCGTGCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017581
ATGTATTACTCTAGCAAAATCTCCCTTGCTCTCGTGTGCTTCTTCTTCCTTGGCTTCGGCACTGCCACGGCGACGGCGGCCGCTTGCAGCAACGAACCACTAATATTCAACTTCGGAGACTCCAACAGCGACACCGGTGGCGCTTCTGTTCTTTCAGGGCGGGAGCTCGAGTTCCCGGAGGGGCGAACATTCTTTCACGAGCCAACCGGCCGTGCAAGCGACGGTCGCCTCATCCTCGACTTCTTATGCGAGAGTCTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802368.1
MYYSSKISLALVCFFFLGFGTATATAAACSNEPLIFNFGDSNSDTGGASVLSGRELEFPEGRTFFHEPTGRASDGRLILDFLCESLETKFLTPYLELFTPDFSNGVNFALGGADSRLGRTDINSVAYTLGNEIAEFSRFRNVTIRRGSLDAGQVKSALFMLDIGQNDIQFDTNTKTLQQVLDGDVPAIVSNIGKAMQMLYQLGGRNFWVHNTGPLGCLPSNVALINASTAVDEYGCVSDKNKAAAAFNSQLERLCRELRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器