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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001087

染色体: Chr03 坐标: 12574078-12576690 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001087
名称SmilChr03G001087
描述receptor-like protein 19
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向12574078 - 12576690 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018345
GeneID131018345
locus_tag-
NCBI NameLOC131018345
原始查询SmilChr03G001087

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 19
产物receptor-like protein 19
ArabidopsisAT1G47890 (RLP7)
receptor like protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841206]
identity=33.8; qcov=1.1; evalue=1.58e-116; confidence=low
RiceOs12g0215950
-
identity=36.9; qcov=0.836; evalue=1.01e-113; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018345

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803055.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803055.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803055.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803055.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803055.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:12574081 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 26 A18,A5,B100,B113,B121,B15,B21,B26,B29,B33,B40,B54,B74,B79,B90,C25,C27,C28,C33,C37,C4,C49,C53,C57,C83,C9
Chr3:12574092 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 112 A1,A15,A16,A18,A21,A25,A5,A9,B10,B101,B102,B103,B105,B107,B109,B11,B111,B112,B118,B120,B122,B123,B127,B128,B134,B136,B139,B18,B19,B2,B21,B25,B26,B28,B3,B30,B31,B33,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B5,B53,B54,B57,B58,B59,B63,B65,B66,B67,B74,B75,B79,B81,B82,B83,B84,B85,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B97,B99,C1,C13,C14,C16,C22,C25,C28,C3,C34,C35,C39,C4,C40,C46,C47,C49,C53,C54,C55,C57,C63,C64,C66,C7,C70,C71,C75,C76,C77,C8,C82,C86,C87,C9,D1,D11,D4,D6,D8
Chr3:12574117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:12574126 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 62 A16,A20,A21,A5,B10,B103,B105,B112,B118,B120,B127,B128,B18,B19,B21,B29,B31,B37,B42,B43,B5,B54,B57,B58,B62,B66,B74,B79,B82,B84,B85,B88,B91,B93,B94,B95,C1,C13,C16,C22,C24,C3,C34,C35,C39,C40,C46,C49,C53,C54,C55,C57,C63,C64,C66,C7,C70,C71,C78,C87,C9,D1
Chr3:12574128 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 62 A16,A20,A21,A5,B10,B103,B105,B112,B118,B120,B127,B128,B18,B19,B21,B29,B31,B37,B42,B43,B5,B54,B57,B58,B62,B66,B74,B79,B82,B84,B85,B88,B91,B93,B94,B95,C1,C13,C16,C22,C24,C3,C34,C35,C39,C40,C46,C49,C53,C54,C55,C57,C63,C64,C66,C7,C70,C71,C78,C87,C9,D1
Chr3:12574148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:12574163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr3:12574177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B26,C30,C48
Chr3:12574224 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 35 B105,B112,B118,B120,B15,B18,B31,B37,B43,B54,B58,B62,B79,B85,B94,B97,C1,C13,C16,C22,C34,C35,C40,C46,C5,C54,C57,C63,C64,C66,C7,C70,C71,C72,C9
Chr3:12574230 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B89
Chr3:12574230 G GCC 2bp_insertion CDS_variant 1 B89
Chr3:12574236 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 12 B109,B113,B122,B139,B36,B45,B9,C37,C43,C60,C68,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803055.1
870 aa
N
1
435
870
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_6
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 29-70 aa PF00560 LRR_1 100-122 aa PF00560 LRR_1 256-278 aa PF00560 LRR_1 280-301 aa PF13855 LRR_8 280-340 aa PF00560 LRR_1 329-344 aa PF00560 LRR_1 380-398 aa PF00560 LRR_1 449-469 aa PF00560 LRR_1 474-491 aa PF00560 LRR_1 496-515 aa PF00560 LRR_1 521-543 aa PF13855 LRR_8 664-716 aa PF00560 LRR_1 682-703 aa PF13855 LRR_8 682-740 aa PF13516 LRR_6 704-717 aa PF00560 LRR_1 705-727 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803055.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 29 70 4.2e-08 34.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803055.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 100 122 8.2e-48 150.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803055.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 256 278 8.2e-48 150.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803055.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 280 301 8.2e-48 150.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803055.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 280 340 1.1e-37 128.3 Leucine rich repeat
XP_057803055.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 329 344 8.2e-48 150.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803055.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 380 398 8.2e-48 150.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803055.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 449 469 8.2e-48 150.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803055.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 474 491 8.2e-48 150.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803055.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 496 515 8.2e-48 150.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803055.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 521 543 8.2e-48 150.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803055.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 664 716 1.1e-37 128.3 Leucine rich repeat
XP_057803055.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 682 703 8.2e-48 150.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803055.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 682 740 1.1e-37 128.3 Leucine rich repeat
XP_057803055.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 704 717 1.3e-08 34.9 Leucine Rich repeat
XP_057803055.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 705 727 8.2e-48 150.7 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947072.1
ATGCTTCCAAAGCTATTCTTCATCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAGTGCCTTCACCATCAAAAAACCTTGTTGCTTCAGCTCAGGAATGAGTTGAACTTCGATTCTTCTGCTTCAACAAAACTTGTGCAATGGAATCAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCACGGTGTGGAATGTGATCCTTCTGGCTACGTCGTTGGTTTGCAGCTCGATAATGAGTACATTTCTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018345
ATGCTTCCAAAGCTATTCTTCATCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAGTGCCTTCACCATCAAAAAACCTTGTTGCTTCAGCTCAGGAATGAGTTGAACTTCGATTCTTCTGCTTCAACAAAACTTGTGCAATGGAATCAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCACGGTGTGGAATGTGATCCTTCTGGCTACGTCGTTGGTTTGCAGCTCGATAATGAGTACATTTCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803055.1
MLPKLFFIISTLISSFIFTTHSYNTQCLHHQKTLLLQLRNELNFDSSASTKLVQWNQSDECCKWHGVECDPSGYVVGLQLDNEYISGGIEDSSSLFKLVHLQKLNLAHNYFYTPIPRGIHNLTYLTHLNLSNAEFRGQVPLQLSSLRRLVCLDISTEYPTALGLELPNLEMLVQSLTRLSELYLGRVNVTSSHERRKWSHIISSYLPNLTALSLADCGLSGPLAKPFWQLHSLSILRLDLNDLSTEVLDSFANFPSLTTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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