当前解析结果
SmilChr03G001137| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001137 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001137 |
| 描述 | extensin-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 13095757 - 13096290 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018363 |
|---|---|
| GeneID | 131018363 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018363 |
| 原始查询 | SmilChr03G001137 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | extensin-like |
| 产物 | extensin-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018363 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057803076.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057803076.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803076.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803076.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057803076.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:13095770 |
C |
CCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 34 | A2,A20,A8,B11,B122,B15,B24,B4,B40,B41,B48,B67,B68,B69,B70,B78,C10,C13,C15,C24,C37,C38,C46,C53,C54,C58,C65,C74,C75,C78,C79,C85,D7,D9 |
Chr3:13095775 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 22 | B119,B122,B124,B140,B28,B38,B39,B47,B61,B87,B95,B96,C11,C19,C22,C49,C5,C54,C56,C63,C69,C8 |
Chr3:13095810 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 19 | B119,B122,B124,B140,B38,B57,B61,B76,B87,B96,C19,C22,C49,C5,C54,C56,C63,C69,C8 |
Chr3:13095819 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,C8 |
Chr3:13095822 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C19 |
Chr3:13095823 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B124,B38,B61,C22 |
Chr3:13095834 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,C24,C59,C77,D10 |
Chr3:13095844 |
A |
ATC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B53,B81,C26,D7 |
Chr3:13095844 |
A |
ATC |
2bp_insertion | CDS_variant | 4 | B53,B81,C26,D7 |
Chr3:13095850 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 15 | B119,B124,B140,B38,B61,B76,B96,C19,C22,C49,C5,C56,C63,C69,C8 |
Chr3:13095888 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C19 |
Chr3:13095893 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。