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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001144

染色体: Chr03 坐标: 13198531-13199340 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001144
名称SmilChr03G001144
描述vegetative cell wall protein gp1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向13198531 - 13199340 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018369
GeneID131018369
locus_tag-
NCBI NameLOC131018369
原始查询SmilChr03G001144

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述vegetative cell wall protein gp1-like
产物vegetative cell wall protein gp1-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018369

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803081.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803081.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057803081.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803081.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803081.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:13198538 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:13198580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr3:13198584 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 6 A14,B3,B35,B37,B77,C41
Chr3:13198607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr3:13198617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B88,D1
Chr3:13198618 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 19 A19,A6,B112,B133,B14,B29,B36,B64,B73,B76,B83,B84,B95,C32,C43,C59,C68,C80,C84
Chr3:13198648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:13198659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr3:13198669 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr3:13198693 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 10 A15,B12,B131,B21,B24,B26,B40,B78,C28,C58
Chr3:13198695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr3:13198697 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B35,B77,B83,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947098.1
ATGATTAGTCACCGCTACTTTGTATTTGATGATCCCCCACCATATGATGCACCCTCTCCTCCGACAGATCCTTTCCCGATTATACCCGCACCCCCAGCTGATGAGGTTCCATATGTTCCGGAGCCATTCGTGCCTGATGAGGCCATTGCATTTGAGCCCATTGTCCCGGATTCTGCTATTCCGGAGACGGGTATTCTGCAGACTGGATCGCCATATATGGATTTTGATCCATTTCATTACTTGACACTGATACCATTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018369
ATGATTAGTCACCGCTACTTTGTATTTGATGATCCCCCACCATATGATGCACCCTCTCCTCCGACAGATCCTTTCCCGATTATACCCGCACCCCCAGCTGATGAGGTTCCATATGTTCCGGAGCCATTCGTGCCTGATGAGGCCATTGCATTTGAGCCCATTGTCCCGGATTCTGCTATTCCGGAGACGGGTATTCTGCAGACTGGATCGCCATATATGGATTTTGATCCATTTCATTACTTGACACTGATACCATTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803081.1
MISHRYFVFDDPPPYDAPSPPTDPFPIIPAPPADEVPYVPEPFVPDEAIAFEPIVPDSAIPETGILQTGSPYMDFDPFHYLTLIPFPSADLPPWEPAPATEPLSLPPSEITLPIPSTMPWTEYVPFDPYPRVAPLPEPGTLEFQLYMHPILYPPSRDAHEGPSRPIPIDSNDEDPDEETPEMTVGYGQTRPLRRRTTADGVDVWEPIPEPHVCSPMADTDVEDETEDDDDDSEETEPSEDEEIEPSEDMTVDDAGSRVSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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