当前解析结果
SmilChr03G001195| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001195 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001195 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G001195 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 13773730 - 13774194 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018397 |
|---|---|
| GeneID | 131018397 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018397 |
| 原始查询 | SmilChr03G001195 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018397 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057803106.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057803106.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803106.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803106.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057803106.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:13773742 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,A9,B130,C55 |
Chr3:13773743 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B42 |
Chr3:13773768 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B38,B39,B86,D7 |
Chr3:13773780 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A6,B33 |
Chr3:13773800 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B6 |
Chr3:13773813 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | A7,B109,B67,B69,C14,C57,C70 |
Chr3:13773820 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B132,B139,B45,C5,C58 |
Chr3:13773839 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B106,B38,B55 |
Chr3:13773852 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B134,B42,B43,C2,C56 |
Chr3:13773853 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,D1 |
Chr3:13773861 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B127 |
Chr3:13773861 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B127 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803106.1PF31073
DUF8803 88-134 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803106.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 88 | 134 | 4.4e-08 | 33.6 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。