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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001212`

染色体: Chr03 坐标: 13941550-13942248 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001212`
名称	SmilChr03G001212
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	13941550 - 13942248 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018408`
GeneID	`131018408`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018408`
原始查询	`SmilChr03G001212`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670, mitochondrial-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT1G62670` (RPF2) rna processing factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842564] identity=28.4; qcov=1.17; evalue=2.16e-27; confidence=low
Rice	`Os04g0488500` - identity=29; qcov=0.832; evalue=3.92e-18; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018408

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057803116.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803116.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803116.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803116.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803116.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:13941552`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B21,B68,C28
`Chr3:13941723`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	19	A18,A20,A8,B135,B3,B44,B48,B50,B60,B97,C18,C24,C47,C48,C59,C61,C64,C66,D7
`Chr3:13941757`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	152	A1,A10,A11,A16,A18,A19,A2,A23,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B101,B102,B107,B108,B109,B11,B110,B112,B114,B117,B126,B128,B131,B133,B134,B136,B137,B138,B14,B15,B16,B18,B2,B20,B22,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B33,B36,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B44,B45,B47,B5,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B60,B64,B65,B66,B68,B7,B70,B74,B75,B76,B80,B81,B83,B84,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B98,B99,C10,C16,C17,C18,C19,C20,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C37,C38,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C49,C5,C50,C52,C53,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C62,C63,C65,C66,C68,C69,C7,C70,C74,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C87,D10,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9
`Chr3:13941761`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr3:13941805`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr3:13941932`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,D11
`Chr3:13942075`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B111,B123,C23,D11,D9
`Chr3:13942098`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B119,B124,B136,B61
`Chr3:13942148`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	30	A18,A20,A25,A5,A8,B111,B120,B122,B129,B31,B48,B49,B59,B77,B79,B94,B97,C12,C24,C3,C47,C56,C7,C72,C73,C78,C83,C86,D11,D7
`Chr3:13942149`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B13,B134,B140,B23,B54,B86,C39,C77
`Chr3:13942178`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B122
`Chr3:13942185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803116.1

232 aa

116

232

PPR_3

PPR_2

PPR

PPR_2

PPR

PF13812 PPR_3 53-85 aa PF13041 PPR_2 73-121 aa PF01535 PPR 77-106 aa PF13041 PPR_2 176-225 aa PF01535 PPR 184-208 aa PF01535 PPR 215-232 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803116.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	53	85	2.6e-08	34.5	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057803116.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	73	121	1.8e-22	79.9	PPR repeat family
`XP_057803116.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	77	106	1e-13	51.2	PPR repeat
`XP_057803116.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	176	225	1.8e-22	79.9	PPR repeat family
`XP_057803116.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	184	208	1e-13	51.2	PPR repeat
`XP_057803116.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	215	232	1e-13	51.2	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947133.1
ATGAGCAGAAGAGCAGCTGTTTCTGCAATTGATCTCATTCATGGAAGAGGATTTCTCAATCGATGGTCGCATGAATCGGGTATCATCTCTCCTCCGTTCTCTCTCTTCTCTTCCAAGGCTTTTCAACCTAAGCCATCCAAAATCGATTTCAGTTGTGTTAAAGAATTAAAGGATGCCAATGAATTGTTTCAAAAAATGAAGAGTATGTCCCCAGAGCCTTGTGTTCTTATGTACAACAATCTTCTGAGTGTTACTGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018408
ATGAGCAGAAGAGCAGCTGTTTCTGCAATTGATCTCATTCATGGAAGAGGATTTCTCAATCGATGGTCGCATGAATCGGGTATCATCTCTCCTCCGTTCTCTCTCTTCTCTTCCAAGGCTTTTCAACCTAAGCCATCCAAAATCGATTTCAGTTGTGTTAAAGAATTAAAGGATGCCAATGAATTGTTTCAAAAAATGAAGAGTATGTCCCCAGAGCCTTGTGTTCTTATGTACAACAATCTTCTGAGTGTTACTGCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803116.1
MSRRAAVSAIDLIHGRGFLNRWSHESGIISPPFSLFSSKAFQPKPSKIDFSCVKELKDANELFQKMKSMSPEPCVLMYNNLLSVTAKIEQYSFALDMFDEMLGMGVPVNDYTMNIAVNCCCLLKDIYSDFSIMGFFFKIRYEPDVATLIKGLFFVEKEAEAVKLFEKVLDLKLCEPNDIMIMHVIGGLCKSGQVIAAHDWLHRLESSGWSPNVKAYNALIDGLYKEGRMKEV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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