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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001216

染色体: Chr03 坐标: 13973700-13976967 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001216
名称SmilChr03G001216
描述uncharacterized SmilChr03G001216
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向13973700 - 13976967 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017735
GeneID131017735
locus_tag-
NCBI NameLOC131017735
原始查询SmilChr03G001216

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017735

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057802434.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802438.1
3 Spindle Spindle 0.40000 XP_057802434.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802434.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802434.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:13973895 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr3:13974034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:13974114 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B94,C14,C74
Chr3:13974132 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B122,B30
Chr3:13974164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,B40
Chr3:13974167 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr3:13974178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B12,C75
Chr3:13974185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,C12,C54,C57,C75
Chr3:13974413 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr3:13974454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B16
Chr3:13974502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,C60,C82,D10
Chr3:13974674 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946455.1
CCAACAAAAATAAAAAGAAAAAGGTTTATATCAATTTAGAGGTTACAAAAGGAAGTTTTGAATGGAATTTGGGCATAGTGGCGATGTGATGAAGAAGAGGTCAAGTTTTGGATTAAGTGTTGCTGATGAGAAGATTAAACTGATTGATATTCTGTCTGAAGATGATTACTTTCTTGTTGCTTGTGATCATTCTCTTCAATCCTCCGTCTCAGGAGTTCTGGATCCTGATGAACTCTTCTTCATGAACAATGGAGCCAGTG...
XM_057946454.1
AACAAAAATAAAAAGAAAAAGGTTTATATCAATTTAGAGGTTACAAAAGGAAGTTTTGAATGGAATTTGGGCATAGTGGCGATGTGATGAAGAAGAGGTCAAGTTTTGGATTAAGTGTTGCTGATGAGAAGATTAAACTGATTGATATTCTGTCTGAAGATGATTACTTTCTTGTTGCTTGTGATCATTCTCTTCAATCCTCCGTCTCAGGAATTGAAAGAATGGAACAAAAAGAGCAGAATCTGTGTGTTCAAGAATCA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131017735
ATGGAATTTGGGCATAGTGGCGATGTGATGAAGAAGAGGTCAAGTTTTGGATTAAGTGTTGCTGATGAGAAGATTAAACTGATTGATATTCTGTCTGAAGATGATTACTTTCTTGTTGCTTGTGATCATTCTCTTCAATCCTCCGTCTCAGGAGTTCTGGATCCTGATGAACTCTTCTTCATGAACAATGGAGCCAGTGCGACCAGTCTTCTACCTGCTGCTCATGAAGTCCGAAATCGAAGATCCGAATCTGAATCCAC...
LOC131017735
ATGGAATTTGGGCATAGTGGCGATGTGATGAAGAAGAGGTCAAGTTTTGGATTAAGTGTTGCTGATGAGAAGATTAAACTGATTGATATTCTGTCTGAAGATGATTACTTTCTTGTTGCTTGTGATCATTCTCTTCAATCCTCCGTCTCAGGAATTGAAAGAATGGAACAAAAAGAGCAGAATCTGTGTGTTCAAGAATCAAGAACAAGTTTTCTAAGAAGAAGCTTAGCATGGAACAGCGCCTTTTTCAACAGTTCAGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057802434.1
MEFGHSGDVMKKRSSFGLSVADEKIKLIDILSEDDYFLVACDHSLQSSVSGIERMEQKEQNLCVQESRTSFLRRSLAWNSAFFNSSGVLDPDELFFMNNGASATSLLPAAHEVRNRRSESESTKNNVSIFGDWFELQPSITESKSSKALNVVERSSKSRPKQIAQSSRICDRSCNSKVVIKSDRTSIGRSINVESEGKMKKESFSRRASGIRNWPAISNHNMENKSTRTSLGQGLVMGEKSAYKISSNLQPITSLSAAKF...
XP_057802435.1
MEFGHSGDVMKKRSSFGLSVADEKIKLIDILSEDDYFLVACDHSLQSSVSGIERMEQKEQNLCVQESRTSFLRRSLAWNSAFFNSSGVLDPDELFFMNNGASATSLLPAAHEVRNRRSESESTKNNVSIFGDWFELQPSITESKSSKALNVVERSSKSRPKQIAQSSRICDRSCNSKIKSDRTSIGRSINVESEGKMKKESFSRRASGIRNWPAISNHNMENKSTRTSLGQGLVMGEKSAYKISSNLQPITSLSAAKFSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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